2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2015
Банки нуклеотидных последовательностей
Обязательные задания состоят в заполнении google формы
Технология заполнения формы такая.
1) Заполняете поля имя, фамилия и пользовательское имя.
2) Выбираете номер задания.
3) Пишете ответы на все обязательные вопросы
4) submit; ваши ответы сохраняются в ведомости
В задании 2 требуется описать семь ключей записей EMBL. Вам придется семь раз проходить выполнение этого задания.
Задания такие:
1. Охарактеризуйте качество сборки генома эукариотического организма
- Организм (точнее, вид) - на ваш выбор; используйте NCBI Genome, Browse by organism или поиск по БД Genome
- В отчёте укажите
- число сборок генома; выберите одну
- число проектов по секвенированию организма и число образцов
- для одной сборки
- приведите описание образца (BIOSAMPLE ID и перевод описания)
- приведите описание проекта (BIOPROJECT)
- число контигов/скэффолдов сборки
- таблицу контигов/скэффолдов (контиг, длина, ...) - ссылка на файл с веб-страницы
- N50 и L50, самый длинный и самый короткий контиг
- сделайте ссылку на последовательность одного из контигов (на ваш выбор)
2. Опишите семь ключей, используемых в таблицах особенностей
- Найдите страницу help'а; можно искать на сайте NCBI, EBI или (что самое простое!) INSDC
- Выбирайте ключи поинтереснее! Впрочем, выбор за вами.
- На каждый ключ приведите пример.
3. Опишите состояние дел в одном из массовых геномных проектов
Возьмите один из проектов, перечисленных в презентации или найдите какой-нибудь другой (+1 премиальный балл).
Ожидаемая информация: название проекта, цель, год начала, ссылка на страницу, организация, страна, планируемые число геномов, год завершения, сколько геномов секвенировано на 2017 год, последняя публикация по проекту (ссылка на pubmed).
4. Составьте таблицу митохондриальных генов одного из организмов указаного таксона
- Выбор таксона за вами
Поиск по полям в БД Nucleotide (NCBI); составьте запросы, находящие все полные митохондриальные геномы таксона в GenBank и !Refseq.
- Выбор представителя таксона - за вами.
запросы, находящие все полные митохондриальные геномы таксона и число находок в GenBank и !Refseq
- название организма и (желательно) фотографию
ссылку на таблицу генов белков закодированных в митохондриальном геноме: короткое название гена, полное название, координаты и ориентация в геноме; идентификатор в БД белков; сортировка - по порядку в геноме.
5. Создайте страницу практикума 7. Она должна существовать и включать список выполненных заданий 1-4. Других обязательный требований нет.
== Дополнительные (не обязательные) задания
6.(*) Красиво оформленные выдержки из формы с ответами приветствуются и оцениваются баллами