Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

google form

Нуклеотидный blast

1. Определите таксономию и функцию прочтенной вами нуклеотидной последовательности (из практ. 6)

В отчете укажите (i) предполагаемую функцию или аннотацию последовательности - если она не кодирует ген белка; (ii) предполагаемую таксономию; (iii) обоснования своих решений

Подумайте или посмотрите в презентации (i) какой вариант алгоритма BLAST использовать и в какой базе данных искать; (ii) какие находки и сколько достаточно для аннотации; (iii) как решить к какому уровню таксономии - виду, роду, семейству,... - возможно отнесение находки (см. подсказки); (iv) какие данные стоит привести в отчете (см. подсказки)

2. Сравните списки находок нуклеотидной последовательности 3-я разными алгоритмами blast

3. Проверьте наличие гомологов трех белков в геноме одного организмов

Организм X5 (Amoeboaphelidium protococcarum), сборка генома X5 лежит на диске P: в директории y15/term3/block2/pr8

Белки можно (но не обязательно) взять из списка:

Можно выбрать на свое усмотрение из тех, которые, по вашему мнению, должны быть почти у всех эукариот.

4. Найдите один ген белка, закодированный в одном скэффолде ''Amoeboaphelidium protococcarum''

Для поиска выберите один контиг длины порядка десятков тысяч пар нуклеотидов. Интроны у амебоафилидум короткие, так что ген может поместиться в одном таком контиге.

Описать в отчете нужно ОДИН наиболее правдоподобный ген, найденный с помощью BLAST. BLAST Едва ли позволит найти точные границы гена, это и не требуется.

5.Создайте страницу практикума 8 со списком выполненных заданий

6.(*ДОПОЛНИТЕЛЬНОЕ) Классифицируйте геномы родственных вирусов по сходству последовательностей ГЕНОМОВ

Аннотации белков не используйте!