Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Теоретические вопросы к коллоквиуму по блоку 3

Что такое «метаболический путь»? Приведите пример какого-нибудь метаболического пути, кратко опишите его функциональную роль и распространенность среди живых организмов (у кого есть, у кого нет).
Чем субстрат фермента отличается от кофактора? Приведите примеры нескольких известных вам кофакторов (неорганических и органических) и объясните, для чего они могут быть нужны.
Для каких типов ферментативных реакций нужны кофакторы и почему? Приведите пример реакции, для которой, как вам кажется, кофакторы не требуются.
По какому принципу построена классификация ферментов по коду EC? Назовите известные вам классы ферментов.
Для чего в клетке используется аденозинтрифосфат (АТФ)? Приведите несколько примеров.

Что такое «оперон»? Изобразите схему оперона, подпишите ее элементы и объясните, в чем состоит роль каждого. Какие из них можно надежно предсказывать ab initio на основании данных прокариотического генома?
Что такое «оперон»? У каких организмов встречаются опероны? Назовите несколько примеров клеточных систем / белковых комплексов, гены которых организованы в опероны.
О чем может свидетельствовать наличие сшивок (англ. fusions) между белками? Каков механизм формирования таких «сшитых» белков?
О чем может свидетельствовать частая встречаемость гомологов нескольких генов рядом друг с другом в разных геномах?

В чем отличие мембранной среды от водной? Какие требования налагаются на структуру главной цепи (backbone) белка, чтобы он мог существовать в мембранной среде?
В чем отличие мембранной среды от водной? Какие требования налагаются на последовательность белка, чтобы он мог существовать в мембранной среде?
Толщина бактериальной мембраны составляет, по грубой оценке, 40Å. Оцените (грубо) минимальное число остатков, которое должно содержаться в трансмембранной спирали, чтобы она находилась в мембране. Примите число остатков на виток 3.5, а шаг спирали 5.4Å. Почему это число в реальных белках часто может быть больше?
Какие клеточные функции выполняют мембранные белки? Приведите примеры.