Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

В отчете на сайте должно быть:

1. Описание целевого семейства в таком виде, что понятно каким образом найти все белки семейства в банке SwissProt по аннотациям и (возможно) вашему паттерну

2. Ссылка на таблицу Excel

   • (лист 1) со списком ID всех белков SwissProt, принадлежащих семейству согласно описанию из п. 1.

   • (лист 2)со списком результатов поиска по вашему HMM профилю; обязательные колонки: ID находки, вес, E-value, принадлежит ли целевому семейству на самом деле - согласно списку листа 1
   • (лист 3)с гистограммой весов находок
   • (лист 4)с данными для построения ROC-кривой и/или PR-кривой

3. Ссылка на файл с выравниванием, которое использовано для создания профиля и/или рисунок с этим выравниванием из JalView на веб-странице

4. Ссылка на файл с HMM профилем
5. Рисунок с гистограммой весов находок на веб-странице
6. Рисунок с PR-кривой и/или ROC кривой на веб-странице
7. Выбранный вами порог веса для находок.Обосновние выбора порога веса

8. Табличка 2×2 с результатами при выбранном пороге: на самом деле (принадлежит семейству, нет) против предсказания по профилю (принадлежит семейству, нет). Чувствительность, специфичность, precision (точность, доля правильных предсказаний среди всех предсказаний) для вашего профиля и порога;

9. Неформальная оценка качества профиля: насколько он хорош для нахождения целевого семейства белков; если недостаточно точен, то вероятные причины ошибочных предсказаний

указания

Задание 1. Определите целевое семейство белков. Составьте список белков семейства из `SwissProt`

Задание 2. Постройте и откалибруйте профиль для целевого семейства

• Выберите выравнивание, проверьте его
• Постройте профиль по выравниванию
• Откалибруйте профиль

Задание 3. Получите результаты поиска по профилю на множестве последовательностей SwissProt

• Выполните поиск по SwissProt

• Подберите пороги по E-value и Весу так, чтобы среди находок было сравнимое число правильных и неправильных находок - нужно для подбора порога!
• Составьте таблицу (Excel,Лист 2)

Задание 4. Выберите порог нормализованного веса для находок по профилю

• Постройте гистограмму весов всех находок, хороших и плохих
• Постройте PR-кривую и/или ROC-кривую
• Выбарите порог, опишите предсказатель того, принадлежит ли последвательность целевому семейству. Представьте результаты проверки профиля.
• Напишите заключение о вашем предсказателе.

Задание 5.(* не обязательное) Сравните ваше правило с поиском blast по SwissProt для одной последовательности из вашего семейства