Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Указания к практикуму 11

Как посчитать число находок

Для каждой находки нетрудно выяснить её номер в списке. В выдаче BLAST (на сайте NCBI) гиперссылки в самом правом столбце (Accession) выглядят примерно так: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/Q6D2N1.1?report=genbank&log$=prottop&blast_rank=12&RID=E19K5HZY014

В данном случае после "blast_rank=" стоит 12, это и есть номер находки в списке. Сама гиперссылка ведёт на страницу с описанием белка-находки, но номер можно найти в адресной строке браузера.

Как изменить максимальное число находок или длину слова

Перед тем, как запускать BLAST, нужно открыть "Algorithm parameters" (внизу страницы, с которой запускается поиск). Там можно изменить параметры "Max target sequences" и "Word size".

Как ограничить поиск заданным таксоном

Начните набирать название таксона в окошке "Organism" на странице запуска BLAST. В какой-то момент возникнет список, в котором надо выбрать нужный таксон.