2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2016
Задание 1. Найдите отличия между тремя выравнивания ОДНИХ И ТЕХ ЖЕ последовательностей, построенные разными программами
Для выполнения задания нужно выровнять три выравнивания друг относительно друга, открыть их в одном окне Jalview и раскрасить все последовательности, а отдельно в каждом выравнивании.
Для раскраски
Сделайте группу из каждого выравнивания (выделите последовательности, правая кнопка мыши => selection => create group)
Раскрасьте внутри группы (выделите группу, правая кнопка мыши selection => Edit group => group color и выбирайте тип раскраски - Clustal или percentage identity)
Для выравнивания выравниваний
- Способ 1. Выравнивание выравниваний вручную в Jalview. Перемещение делается так.
Выделите прямоугольник, в котором будут происходить перемещения. Курсор - на букву, начало перемещаемого участка.
Ctrl + перемещение мышью - перемещение всех последовательностей в прямоугольнике;
Shift + перемещение мышью - перемещение одной последовательности в прямоугольнике.
Важно: если в прямоугольнике нет места для перемещения, то ничего и не будет происходить. Однако, если прямоугольник - до конца выравнивания, то движение направо всегда возможно.
См. также инструкцию по Jalview на kodomo (https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/HowTo)
Способ 2. Используйте muscle. muscle --help чтобы узнать какая опция позволяет выровнять два выравнивания а не две последовательности. Выровняв три выравнивая (1) 1 + 2; (2) (1 + 2) + 3), откройте результат в Jalview и далее - как описано выше.