Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Задание 1. Найдите отличия между тремя выравнивания ОДНИХ И ТЕХ ЖЕ последовательностей, построенные разными программами

Для выполнения задания нужно выровнять три выравнивания друг относительно друга, открыть их в одном окне Jalview и раскрасить все последовательности, а отдельно в каждом выравнивании.

Для раскраски

  1. Сделайте группу из каждого выравнивания (выделите последовательности, правая кнопка мыши => selection => create group)

  2. Раскрасьте внутри группы (выделите группу, правая кнопка мыши selection => Edit group => group color и выбирайте тип раскраски - Clustal или percentage identity)

Для выравнивания выравниваний

Выделите прямоугольник, в котором будут происходить перемещения. Курсор - на букву, начало перемещаемого участка.

Ctrl + перемещение мышью - перемещение всех последовательностей в прямоугольнике;

Shift + перемещение мышью - перемещение одной последовательности в прямоугольнике.

Важно: если в прямоугольнике нет места для перемещения, то ничего и не будет происходить. Однако, если прямоугольник - до конца выравнивания, то движение направо всегда возможно.

См. также инструкцию по Jalview на kodomo (https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/HowTo)

Способ 2. Используйте muscle. muscle --help чтобы узнать какая опция позволяет выровнять два выравнивания а не две последовательности. Выровняв три выравнивая (1) 1 + 2; (2) (1 + 2) + 3), откройте результат в Jalview и далее - как описано выше.