Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Практикум 1. Визуализация молекул в JMol

Отчетом по данному практикуму является страница "Визуализация молекул в JMol", доступная со страницы семестра.

Страница должна включать:

1. J(S)Mol апплет.

2. Ссылку на текст скрипта.

3. Таблицу с параметрами водородных связей.

После выполнения всех заданий необходимо записаться в очередь на проверку.

0. Тренировочное задание

Чтобы познакомиться с JMol, выполните небольшое тренировочное задание.

1. Веб-страница с JMol-апплетом, демонстрирующим структуру белка

Создайте веб-страницу, на которой будет размещен J(S)Mol апплет в режиме HTML5. По-умолчанию, апплет должен отображать (загружать с сервера PDB) ваш белок. PDB ID можно узнать в таблице.

2. Отображения молекул

Создайте Jmol скрипт (текстовый файл scriptname.spt с набором команд), который будет последовательно показывать следующие изображения:

Каждое изображение должно сопровождаться пояснением при помощи команды ‘echo’ (на английском языке).

Переход между отображениями должен осуществляться по нажатию кнопки <Resume>, размещенной на странице.

Разместите ссылку на скрипт на странице и модифицируйте апплет так, чтобы при загрузке автоматически запускалось выполнение скрипта. Также разместите на странице кнопки "Start script" и "Resume" для запуска и продолжения выполнения скрипта.

3. Параметры водородных связей между остовными атомами азота и кислорода.

Определите типичные параметры водородных связей между остовными атомами в различных элементах вторичной структуры белков. Для этого:

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре

#

Имена атомов

Длина связи (Å)

Угол N-O-C (°)

Альфа-спирали

1

N(XXXALA)- O(YYYARG)

XX.XX

XXX.X

...

Бета-тяжи

...