Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Практикум 2. Атлас контактов

Исследовательский мини-проект, направленный на изучение контактов биомолекул в составе комплексов, а также контактов с биомолекул с лигандами. В качестве комплексов для изучения можно рассмотреть, например, фрагменты рибосомы, комплексы ВИЧ-интегразы, комплексы биомолекул с антителами.

Для облегчения поиска воспользуйтесь возможностями Advanced Search на сайте PDB. Не стоит выбирать комплексы весом больше 100кДа

Этапы работы:

1. Разбиться на группы по 2-3 человека и записаться в таблицу. Внести ссылку на страницу, на которой будет размещен отчет о вашей деятельности. (Отчет можно разместить только у одного участника команды, но остальные должны поставить ссылку на своих учебных страницах)

2. Время на выполнение: 2 недели. Хотелось бы, конечно, увидеть хотя бы по одному примеру для каждого контакта, но минимум - по 2 контакта (пусть даже одного типа, например, 2 водородных связи) на каждого члена команды.

Формат отчета:

html страница (наличие двух (Ru/En) и более языковых вариантов будет плюсом) с текстовым содержимым и графическими иллюстрациями, полученными при помощи jmol.

Страница с описанием контактов должна содержать следующую информацию:

Введение:

В качестве образца описания низкомоллекулярных лигандов можно рассматривать страницы с Википедии. Образец, но не копипасту!

Информация о физико-химических свойствах:

Информация о белок-белковых контактах:

Внимательно изучите структуру выбранного вами комплекса и попытайтесь самостоятельно определить ключевые точки межмоллекулярных контактов.

Интересующие нас типы контактов:

Чтобы в PDB файле присутствовали протоны, надо искать структуры с разрешением < 1.2A. Если не получается найти структуры протонированных форм, обсудите вероятность образования данного контакта в зависимости от pKa вовлеченных аминокислот.

  • При расчете пользуйтесь следующими значениями ван-дер-ваальсовых радиусов атомов (источник: Дж. Эмсли. Элементы. 1993г.): углерод - 1.85 ангстрема, азот - 1.54 ангстрема, кислород - 1.4 ангстрема, сера - 1.85 ангстрема. Учтите, что радиус атома - не диаметр.

Для отображение используйте JMOL-апплет со скриптом:

В тексте отчета должна быть кратко описана процедура поиска контактов (какой бы они ни была) и соображения (в свободной форме) о функциональной роли данного контакта. Если вам удастся найти описание выбранного контакта в литературе, то будет просто замечательно.

Информация о лиганд-биомолекулярных контактах:

Если в выбранное структуре присутствуют низкомоллекулярные лиганды, то все аналогично. Обратите внимание, что контакты могут быть не только с белком, но и с нуклеиновой кислотой.

Информация о нк-белковых контактах:

Если в выбранное структуре присутствуют нуклеиновые кислоты, то все аналогично. Достаточно 1-2 примеров.

Личный вклад

В конце отчета добавьте раздел с описанием личного вклада участников. В качестве образца можете взглянуть на пример из Science

Author contributions: IF and SNE conceived the study. The initial dual choice assay was designed by SNE, IF, and RM; and performed by SNE and RM. RI, SRH designed, and SNE performed the two-choice olfactometer assay. RM, A-K B-K and GB designed, performed the GC-MS and analyzed the results. GB also designed the SPME collection of volatiles and designed the release of volatiles for bioassay. RM, PL and SNE designed and performed the respirometry experiments. SNE designed, and SNE and SH performed the mosquito fitness study. SNE performed parasite culturing, mosquito infections as well as the feeding proportion study and the statistical analyses. BL designed the temporal transcriptome study and prepared RNA for Illumina sequencing. SNE, BL, and SRH performed bioinformatics analyses of the sequencing data. BL performed the mosquito total protein assay. BL, SNE constructed figures and tables. IF, SNE and SH designed and SH created the artwork. IF, BL, RI, SRH and SNE wrote the manuscript. All authors proofread and commented on the final draft of the manuscript. The authors declare no competing financial interests.

Ссылки на источники:

Вся использованная литература или ресурсы.