Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Практикум 7

Задания

Все задания проверяются по наличию и содержанию указанных файлов. Все файлы должны располагаться в директории ~/term2/linux. Срок выполнения без потери баллов 2 апреля, крайний срок 9 апреля.

Перед выполнением заданий можно ознакомиться с краткими указаниями.

1. Переменные.

Заведите в своей домашней директории файл .bash_profile (название начинается с точки) и в нём строку

pt2="/home/export/samba/public/y17/term2"

Разлогиньтесь и снова залогиньтесь на kodomo. Убедитесь, что команды вида:

echo "$pt2"
ls "$pt2/block2"

и т.п. работают как нужно.

Оценка: по наличию файла .bash_profile и нужной строки в нём.

(*) Дополнительно. Посмотрите, что содержится в переменной PS1 (echo $PS1), эта переменная задаёт вид приглашения ввести команду. В man bash долистайте до строки "PROMPTING" и посмотрите, как можно изменить переменную PS1 и какой от этого будет эффект. Если какой-то вариант вам понравится, внесите его в .bash_profile. Не забывайте защищать спецсимволы bash, в частности обратную косую черту \ и пробел.

2. Сценарий bash без циклов

Сценарий должен называться prot_chains.sh.

Напишите сценарий, который выделяет из записи P17763 банка Swiss-Prot последовательности всех минимальных зрелых цепей (то есть таких, которые не делятся на более короткие цепи) в один файл в формате fasta.

Сценарий нужно сначала протестировать! Желательно делать это в какой-нибудь другой директории, рекомендуется тестировать сценарии этого и следующего упражнений в директории ~/term2/linux/pr7.

Указания:

3. Сценарий bash с циклом

Сценарий должен называться count_aa.sh.

Напишите сценарий, который принимает в командной строке одно из однобуквенных обозначений аминокислотных остатков и выдаёт количество этого остатка в каждом из файлов текущей директории, имеющих расширение .fasta. Выходной формат произвольный, единственное требование – должно быть понятно, какому файлу соответствует каждое число.

4. *Генератор HTML таблиц (дополнительное)

Сценарий должен называться tsv_to_html.sh.

Создайте скрипт, который получает название TSV файла (текстовая таблица с <Tab> в качестве разделителя столбцов) и выводит соответствующую таблицу в формате HTML (достаточно только того, что должно быть между тегами <table> и </table>). Подсказка: все требуемое можно сделать с помощью 3 команд sed.