2023
2022
2021
2020
2019
2018
2016
2015
Процедура сдачи экзамена
Необходимые условия для получения оценки за курс по 3Д:
- зачёт за практикумы 1-8
- зачёт за коллоквиум по РСА
- удовлетворительный ответ на вопрос на допуск и сдача экзамена или отказ от теоретического экзамена
Оценка за курс 3Д
Оценка за курс по 3Д ставится по сумме баллов за курс по формуле:
Оценка3D = min(5.5,max(2.5, 2.5 + (баллы - 55)/12)), округляется до десятых.
Оценка в зачетку
Для усреднения оценки по курсу структурной биоинформатики и оценки по курсу биоалгоритмов финальные баллы приводятся к оценке по следующей формуле:
Оценка в зачетку = (Оценка3D + ОценкаБиоАлг) / 2, округляется до целого.
Вопрос на допуск
Если вы хотите хотите сдавать теоретическую часть экзамена, то для начала ответа на основные вопросы (блоки Био и Информатика) Вам придётся дать удовлетворительный ответ на вопрос на допуск. Если Ваш ответ неудовлетворительный по мнению экзаменатора - Вы получаете неуд и отправляетесь на пересдачу независимо от суммы баллов или наличия зачетов.
Могу ли я не сдавать теоретическую часть?
Вы можете не сдавать теоретическую часть экзамена. Если вы хотите отказаться от сдачи теоретической части, при постановке себя в очередь напишите это в комментариях. При отказе от сдачи:
- Если у вас есть зачет за практикумы и коллоквиум, вы получаете финальную оценку за курс на основании накопленных баллов.
- Если у вас не стоит зачет за практикумы/коллоквиум, вы отправляетесь на пересдачу, на которой можете досдать долги и получить финальную оценку за курс.
Могу ли я сдавать теоретическую часть, если нет зачета?
Вы можете начать сдачу теоретической части курса на экзамене вне зависимости от числа зачтенных практикумов и набранных баллов. Однако для получения финальной оценки в ведомость и зачётку сдача практикумов и коллоквиума обязательны. Без них ставится неуд, Вы уходите на пересдачу.
Как будет проходить экзамен:
- Для начала сдачи экзамена встаньте, пожалуйста, в очередь в ведомости (номер практикума: экзамен). Даже если Вы не хотите его сдавать. Время постановки в очередь считается временем начала ответа на вопрос.
- Если Вы не хотите его сдавать - напишите об этом в комментарии.
- Напротив вашей строки в очереди будет записан ваш номер вопроса из "Био" части и из "Инф" части (в соответствующем порядке).
- На подготовку ответа у вас есть 30 минут
- По прошествии 30 минут экзаменатор имеет право вызвать вас в свою аудиторию для обсуждения ответа. Вы можете вызваться отвечать досрочно.
- Ответ на билет начинается с ответа на вопрос на допуск по выбору экзаменатора. Ответ дается без подготовки
- При отсутствии удовлетворительного ответа на вопрос на допуск в графе "Экзамен 3D" автоматически ставится 0, и считается, что экзамен сдан на "неуд"
- За каждый из двух основных вопросов в билете экзаменатор ставит до 15 баллов включительно. Дополнительные вопросы входят в эти 15 баллов, за один пункт билета невозможно получить больше 15 баллов.
Вопросы к экзамену
Вопросы на допуск
Ответ на этот вопрос это примерно 3 предложения.
- Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия, потенциал Леннарда-Джонса
- Гидрофобный эффект/гидрофобные взаимодействия
- Водородная связь – определение
- Строение остова аминокислот. Возможные формы, различающиеся количеством и положением атомов водорода. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать атомы остова.
- Строение боковых радикалов аланина, валина, лейцина, изолейцина, метионина. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать их атомы
- Строение пролина. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать его атомы. Конформации пролина, влияние на ход остова
- Строение боковых радикалов серина, треонина и цистеина. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать их атомы
- Строение боковых радикалов аспарагина и глутамина. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать их атомы
- Строение боковых радикалов аспартата и глутамата. Возможные формы, различающиеся количеством и положением атомов водорода. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать их атомы
- Строение боковых радикалов лизина и аргинина. Возможные формы, различающиеся количеством и положением атомов водорода. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать их атомы
- Строение боковых радикалов фенилаланина, тирозина и триптофана. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать их атомы
- Строение бокового радикала гистидина. Возможные формы, различающиеся количеством и положением атомов водорода. Нековалентные взаимодействия, в которые могут вступать его атомы.
Био
Умение рассуждать с привлечением конкретных примеров (белков, комплексов) - большой плюс.
- Водородная связь – зависимость силы от направления. Типы водородной связи, функциональные особенности. Степень насыщения вакансий для образования водородных связей в биомолекулах.
- Вторичная структура, типы, физико-химические свойства. Паттерны водородных связей. Спектроскопия кругового дихроизма. Положение типов на карте Рамачандрана. Закрученность.
- Гидрофобный эффект, гидрофобные ядра, их свойства и функции. Какие остатки/группы могут образовывать гидрофобные ядра. Потенциал гидрофобности.
- Домены, способы определения. Структурные домены и их свойства. Взаимодействия, определяющие третичную структуру белка; остатки, вступающие в такие взаимодействия.
- Поверхность макромолекулы. Типы, применение, способы работы с поверхностями. Доступность остатков растворителю.
- Коэволюция остатков - причины и применение. Как расположены коэволюционирующие остатки в структуре?
- Соотношение пространства укладок и пространства функций. Взгляды на эволюционное появление специализированных ферментов. Связь эволюционируемости и подвижности.
- Стабильность структуры белка. Сколько замен могут изменить фолд? Белки с несколькими структурами, свойства, функции.
- Задачи дизайна - какие есть, какие удается решить, с какими возникают проблемы (почему?).
- Статические и динамические факторы, обуславливающие аффинность и селективность молекулярного распознавания. Модели связывания.
- Как работает регуляция функционирования биомакромолекул на структурном уровне? Принципы, примеры
Информатика
- Эвристики для автоматической разметки водородных связей. Идеи за ними.
- Принципы работы алгоритмов DSSP и STRIDE
- Принципы работы алгоритмов выделения гидрофобных ядер
- Принципы работы алгоритмов выделения структурных доменов
- Принципы построения различных типов поверхностей, вычисления площадей поверхностей, экспонированности и погруженности
- Принципы разметки карманов связывания/полостей
- Логика выделения уровней в классификациях CATH и SCOP
- Постановка задачи совмещения структур при заданном выравнивании. Меры сходства.
- Постановка задачи структурного выравнивания. Алгоритм CE
- Постановка задачи структурного выравнивания. Алгоритм PDBeFold(SSM)
- Rosetta – что такое, зачем применяется, какие идеи лежат в основе
Задачи соревнования CASP. AlphaFold
- Возможности использования структурных данных в машинном обучении. Репрезентации. Задачи