2023
2022
2021
2020
2019
2018
2016
2015
Проекты на большое количество дополнительных баллов
DSSP in Python
Сколько лет прошло, но все так же... алгоритм DSSP всеми используется в виде бинарника. Biopython и prody при разметке вторичной структуры вызывают отдельно установленный DSSP и потом считывают его аутпуты. Это не дело! Даешь DSSP на чистом Python!
Update: Ева Смородина нашла референс на C++.. Так как задача несколько упрощается (переписать с C++ на Python), то для получения 10 баллов прошу от вас еще снабдить питоновский вариант хорошими комментариями и/или подготовить презентацию с разбором.
За выполнение: 10 баллов
Bonus: если выполнен, снимается требование выполнять практикум 8 и за него автоматически начисляется максимум баллов.
Что способствует нуклеации?
Вторичная структура с чего-то начинается. А с чего? Для данной конкретной альфа-спирали, какой ее участок образовался раньше других? Если мы начнем собирать статистику по встречаемости аминокислот на 1, 2, 3... -1, -2, -3... позициях от точки нуклеации альфа-спирали, увидим ли мы что-то интересное?
За выполнение: 30 баллов
Bonus: если выполнен, снимается требование выполнять практикум 8 и за него автоматически начисляется максимум баллов.
Все способы прийти к термофильности
Напишите обзор о стратегиях эволюционного дизайна, благодаря которым белок стал более термостабильным
За выполнение: 10 баллов
Выполняет: Анна Розина
Внутренняя простота структур
Предположим следующее безумство: мы пропускаем структуру биомолекулы через аутоэнкодер с латентным слоем размера X, наш лосс – RMSD. Как будет зависеть средний RMSD от размера латентного слоя? Для упрощения будем рассматривать только остов и сгенерируем неизбыточную выборку структур с одинаковой длиной последовательности (лишнее с краев будем просто выбрасывать).
За выполнение: 30 баллов
Туториал по Chimera/BioBlender/UnityMol/... для ваших коллег
Понятное и полное описание действий по использованию программы для нужд молекулярного визуализатора.
За выполнение: 1-10 баллов
Выполняют:
- NGLView: Ева Смородина
- Chimera: Юлия Беляева
Простой туториал по Phenix для ваших коллег
Phenix – большой пакет свободного ПО на питоне для работы с данными кристаллографического эксперимента и построения модели. Выберите какую-то одну задачу, которую Phenix может решать и которая обсуждалась в лекциях, и попробуйте придумать туториал/практикум под нее, соберите для этого входные данные.
За выполнение: 1-15 баллов
Туториал по Isolde
Isolde – интерактивная программа для оценки и исправления адекватности вписывания модели в плотность. Сделана на основе молекулярного визуализатора Chimera и движка молекулярной динамики OpenMM. Попробуйте придумать туториал/практикум, соберите для этого входные данные.
За выполнение: 1-15 баллов
Выполняет: Сергей Пушкарев