2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2016
Взаимодействия. Субстратная специфичность
Задание 1. PoseView
1.5 балла
Основной продукт этого задания – рефлексия.
Используйте PDB ID из первого практикума (структура протеазы Sars-Cov-2 с лигандом). Сгенерируйте для нее 2Д диаграмму взаимодействий с помощью Poseview на сайте Proteins.Plus (см презентацию лекции для подсказок). Поместите ее в отчете. Сравните остатки, которые программа вывела на диаграмму, с теми, которые вы показали как потенциально интересные при выполнении практикума 1. Какие совпали, каких не хватает у вас и на диаграмме? С чем это может быть связано? Как бы вы сейчас сделали задание практикума 1?
Задание 2. PyMol mutagenesis
2.5 балла
Таблица с ID и номерами остатков
Вам дано два PDB файла, лежащих на сервере kodomo. Скачайте их и откройте в PyMol (не обязательно одновременно). Приведенное ниже задание нужно сделать для обоих файлов по отдельности.
Перед вами комплекс антитела с пептидным антигеном. Одну позицию антигена (какую конкретно - указано в таблице) мы заменили на глицин. Используя возможности инструментария Wizard > Mutate попробуйте выяснить, каким был исходный остаток на этой позиции (см презентацию лекции для подсказок).
- Вы можете начать с перебора всех вариантов замен и просмотра всех ротамеров
- Или же сразу попытаться оценить, какие взаимодействия должен иметь кандидат для хорошего соответствия карману
- Обращайте внимание на strain (чем больше, тем хуже)
- И на представленность ротамера (чем больше, тем лучше)
- Но не фиксируйтесь только на этих двух числах, а попытайтесь проанализировать возможные взаимодействия и вынести свой вердикт
Результат практикума: две истории о том, как вы пришли к выводу, что исходной был остаток ИКС (для двух структур он может быть разным), дополненные необходимыми для понимания изображениями.
Тривиальный вариант ("исходно и был глицин") не рассматривайте. Во всех вариантах задания исходно был не он.
+0.5 балла
После сдачи и проверки основной части, вы можете узнать у преподавателя, какая там на самом деле была аминокислота. Занесите в отчет эту информацию вместе с вашими размышлениями о том, удалось ли вам это понять самим или нет, и если нет, то почему. О чем вы не подумали, о чем стоило бы? Что вы упустили?