Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2016

• ...

Отчёт по качеству РСА расшифровки структуры "своего" белка

Структуру для анализа можно выбрать самостоятельно. Обязательные требования - разрешение между 2 и 3 Å, наличие файлов электронной плотности и структурных факторов. Пожалуйста, не берите структуры, с которыми Вы уже работали в практикумах 1-4, 6-9.

Указания

[Сервисы]

Оформление отчёта

1. Файл с отчетом должен быть доступен по ссылке с веб-страницы.

2. Рекомендуемый формат – pdf. Можно и .doc или .odt

3. Следует придерживаться правил оформления статей

   • Должен быть связный текст, понятный любому компетентному читателю. Нагромождение больших таблиц, полученных с серверов, недопустимо!

   • Нужны название, автор, аннотация, введение, разделы с заголовками, рисунки (с подписями снизу), таблицы (с названиями сверху), ссылки на литературу.

     • Аннотация – пара фраз о том, что сделано в отчете.
     • Введение – очень коротко о самом белке и о цели расшифровки структуры со ссылками на публикацию (публикации).
     • Результаты и обсуждение – о собственной работе. Ваша работа в данном случае состоит в извлечении информации из разных источников, ее систематизации, проверке и интерпретации. Указывайте ссылки на источники.

     • Заключение – пара фраз с вашей оценкой качества расшифровки структуры.

     • Если захотите – раздел "Благодарности".
     • Список литературы, включающий ссылки на статьи, веб-сервисы и программы

Содержание отчёта

1. Общая информация о модели

   • состав комплекса;
   • год;
   • авторы;
   • статья, если есть;
   • метод решения фазовой проблемы;
   • число измеренных рефлексов (см. в файле структурных факторов);
   • разрешение, полноту набора структурных факторов, диапазон разрешений структурных факторов;
   • параметры кристаллографической ячейки и кристаллографическая группа
   • наличие некристаллографических симметрий в асимметрической ячейке.

2. Значения индикаторов качества модели в целом

   • R-фактор и R_free;
   • Карта Рамачандрана (число/процент маргинальных остатков, рисунок)
   • средние значения других индикаторов (%не ротамеров, и др., смысл которых вам ясен! ).

3. Таблица со списком нескольких (не более 15!) маргинальных остатков с указанием показателя, по которому они отобраны. Следует смотреть на остатки:

   • из запрещенной области карты Рамачандрана;
   • с неблагоприятной конформацией боковых цепей;
   • с худшими значениями RSR факторов;
   • с неблагоприятным окружением:
     • His, Asn, Gln с подозрением на необходимость инверсии боковой цепи (из PDBreport);
     • остатки, в которых полярные атомы (а) не образуют водородных связей и при этом (б) не выходят на поверхность белка;
     • молекулы растворителя (воды), не фиксированные водородными связями (в том числе с молекулами из соседних ячеек!)
     • остатки, находящиеся в cis (или и не trans, и не cis) конформации;
     • могут быть приведены и другие маргиналы (с объяснением).

1. Анализ 5 маргинальных остатков и/или гетеромолекул (воды, ионов, лигандов). Наибольшее подозрение вызывают остатки, маргинальные по нескольким параметрам. Для каждого из этих остатков

   • укажите значения основных показателей маргинальности
   • продемонстрируйте с помощью рисунка почему считается, что он – маргинал
   • сделайте и обоснуйте вывод: ошибка расшифровки или особенность

2. Сравнение модели из PDB с моделью из PDB_redo.

   • Вы решаете, как сравнивать, о чем написать и в каком объёме.