Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2018

Практикум 10. Выравнивание. Подсказки

  1. Для работы дома необходимо установить на своём компьютере программу Jalview. Инструкции см.https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/JalView

  2. Создайте директории term2/block3/credits и term2/block3/pr10
    • В pr10 поместите файл XXXXXXX.fasta с последовательностью своего белка; XXXXXXX - ID или AC белка.
    • Создайте файл CDS.fasta с кодирующей последовательностью белка.

    • Используйте задание практикума 5 из семестра 1 или его результат для получения генома, содержащего ваш белок.

      • Найдите координаты кодирующей последовательности: от, до, ориентация, вашего белка в геноме
      • Используйте seqret из EMBOSS для получения кодирующей последовательности.
      • Проверьте, что действительно полученная последовательность кодирует Ваш белок
        • Транслируйте ее в белковую последовательность. Имя файла translated.fasta. Используйте transeq из EMBOSS
        • Постройте глобальное выравнивание вашей последовательности с traslated.fasta. Используйте needle из EMBOSS. и найдите число отличий, используйте infoalign из EMBOSS; сделайте конвейер.
      • Для каждой мутации. Для примера, ее номер 7.
        • Скопируйте CDS.fasta в mutatedCDS-7.fasta
        • С помощью текстового редактора выполните требуемую мутацию в mutatedCDS-7.fasta и сохраните в том же файле.
        • Транслируйте mutatedCDS-7.fasta в белковую последовательность в файле translated-7.fasta.
        • Выровняйте XXXXXXX.fasta и translated-7.fasta. Результат - в файле alignment-7.needle или alignment-7.fasta
        • Визуализируйте различия. В формате .needle для отчет достаточно вырезать и сохранить фрагмент, содержащий различия. В формате выравнивания .fasta надо открыть выравнивание с помощью jalview, вырезать фрагмент с различиями и сохранить
        • Опишите результат мутации в таблице.