2024
2023
2022
2021
2020
2019
2017
2016
Практикум 11. Задания
0. Создайте директорию и страницу практикума на сайте
- ~/term2/block3/pr11
1. Сравните выравнивания гомологичных белков и негомологичных белков
- Предлагается выбирать
- белки из базы данных Swissprot
- один белок из протеома штамма K12 кишечной палочки (имя записи Swissprot кончается на _ECOLI) и второй из протеома штамма 168 сенной палочки (имя записи Swissprot кончается на _BACSU)
- гомологичность белков определяйте по совпадению мнемоники функции (например, в идентификаторе ENO_ECOLI мнемоникой функции является ENO).
Подберите по пять пар гомологичных и негомологичных белков из БД swissprot, см. указания.
Заполните все разделы не менее чем для пяти пар белков в каждом разделе. [Шаблон таблицы для задания 1]
- На сайте напишите выводы о том, как отличить гомологичные белки от негомологичных с помощью выравнивания
- На сайте поставьте ссылку на таблицу.
- Скопируйте выравнивания в директорию block3/credits
2. Найдите отличия в парных выравниваниях последовательностей одних и тех же белков, построенных разными программами
Для выбора подходящей пары белков необходимо построить сначала множественное выравнивание гомологичных белков.
2.1 Постройте МНОЖЕСТВЕННОЕ выравнивание 5 - 7 гомологичных белков
Выберите одну из мнемоник функций в swissprot, см. указания.
- Скачайте из swissprot нужное число белков с такой мненмоникой
- Импортируйте в одно окно Jalview эти последовательности
- Выровняйте последовательности любой из программ, доступных в `Jalview
- Сохраните выравнивание как проект Jalview в директории block3/credits, имя файла должно начинаться с вашей фамилии латинскими буквами [например, Ivanov_eno.jvp, где eno - мнемоника функции]
2.2 Сравнение выравниваний
- Скопируйте проект с множественным выравниванием в файл с другим именем [в примере Ivanov-compare_alns.jvp, расширение то, какое дается Jalview проекту]
Удалите из копии все последовательности, кроме двух, см. указаниях как выбрать. Эта пара последовательностей - первое парное выравнивание для сравнения!
- Сохраните каждую из оставшихся двух последовательностей в отдельном файле
- Постройте глобальное парное выравнивание этих последовательностей в fasta формате.
Импортируйте его в то же окно! Jalview
- Оформите как блок и выровняйте с первым выравниванием вручную
- Постройте локальное парное выравнивание тех же последовательностей в fasta формате.
- Импортируйте его в то же окно Jalview
Оформите как блок и выровняйте с первым выравниванием вручную или ... см. указания
- Найдите не менее трех отличий между какими-нибудь парами выравниваний и продемонстрируйте их рисунком на сайте.
Отличием называется отсутствие во втором выравнивании гомологичности остатков или делеции остатка, устанавливаемое в первом выравнивании.
Дополнительные задания
Задание 3* Напишите программу глобального парного выравнивания
Задание 4*. Опишите ориентированный граф для построения оптимального глобального выравнивания с аффинными штрафами за индели
- Подсказки см. в презентации
- Описание может состоять в
- текстовом описании всех вершин и стрелочек и весов на них
- изображении графа с подписями весов стрелочек; "трехмерный" граф изобразить на плоскости трудно, поэтому можно ограничиться небольшой его частью
Важно, чтобы описание было понятным вашим однокурсникам и проверяющим!
ПРОЕКТ