2024
2023
2022
2021
2020
2019
2017
2016Параметры BLASTP
- Обязательные - их надо задавать всегда
вход [последовательность или последовательности]
база последовательностей, в которой искать, и, при необходимости, огрничения на область поиска:
- таксономические
- другие способы ограничений, см. help рядом с окошком
- Max target sequences (Select the maximum number of aligned sequences to display)
- Short queries (Automatically adjust parameters for short input sequences)
Expect threshold (default value 100)
Word size (default value 3)
- Max matches in a query range (0) [ограничивает число находок BLAST в одной последовательности из банка; 0 - ограничений нет]
Scoring Parameters
- Matrix [матрица весов замен]
- Gap Costs (Existence: 11 Extencion: 1) [За открытие Инделя, за каждый следующий символ гэпа]
Compositional adjustments (default: No adjastment)
- Filter ( Low complexity regions filter - default: OFF) [filter - забивать участки малой сложности буквами X]
- Mask (Mask for lookup table only - default: OFF [ничего не маскировать в выходных данных]) [mask - BLAST работает с участками малой сложности, но в выдаче такие участки маскируются буквами X]
- Mask ( lower case letters - default: OFF [маскировать заменое на строчные буквы])