2024
2023
2022
2021
2020
2019
2017
2016Это примеры _типовых_ вопросов
Вопросы к коллоквиуму
Словарик
Тяжелый атом - любой атом, кроме водорода
Лиганд - (в коллоквиуме) любая молекула или атом, не являющиеся частью молекулы белка или молекулой воды; модификации остатков, такие как селенометионин (MSE) лигандами не являются
HETATM - hetero atom - в PDB файлах обозначение строчек с атомами, не принадлежащими ни белку, ни ДНК, ни РНК
Тема 1. Аминокислотные остатки
- Если КР по названиям аминокислотных остатков не засчитана, то написать эту контрольную. Если засчитана, то преподаватель предложит наименования трех аминокислот, а вы сообщите два других наименования каждой; под наименованием понимается либо полное название на русском, либо трехбуквенный код, либо однобуквенный код
- Сообщить названия всех атомов двух аминокислотных остатков из задания практикума 2; не забудьте про атомы остова!
- Сообщить какие тяжелые атомы этих двух остатков могут образовывать водородные связи, могут ли они быть донором,акцептором протона или и то и другое в зависимости от окружения
- Продемонстрировать гидрофобное взаимодействие в структуре любого белка. Объяснить какие атомы белка могут участвовать в гидрофобном взаимодействии, природу этого взаимодействия
- Изобразить на листочке структурную формулу дипептида (трипептида?) с указанной преподавателем последовательностью
Тема 2. Взаимодействия в белке
- Показать и объяснить по два примера взаимодействий двух остатков из задания практикума 2
- В данной структуре белка найти и показать солевой мостик
- В данной структуре показать водородную связь между боковыми цепями остатков, не являющуюся солевым мостиком
- В данной структуре показать водородные связи, поддерживающие одну альфа-спираль.
- Ответить на вопрос об альфа-спирали: с каким остатком обычно связан водородной связью кислород из остатка с номером i?
Под альфа-спиралью в данном случае мы понимаем 4_13 спираль.
- В данной структуре показать водородные связи, поддерживающие один бета-лист.
- Укажите типичное расстояние между донором и акцептором протона в водородной связи между остовными атомами.
- ....
Тема 3. Владение `Jmol`
Выполнение задания при подготовке к коллоквиуму не запрещено. На коллоквиуме придется повторить.
- Найдите лиганд в pdb-файле со структурой своего белка. Покажите строчки файла с координатами лиганда. Сообщите как он называется в PDB файле; к какой цепочке приписан; номер "остатка" для лиганда.
- Создайте изображение лиганда в проволочной и шариковой модели с раскраской по типам атомов
- Напишите и выполните команду, которая выделяет ТОЛЬКО атомы белка на расстоянии 5 ангстрем от лиганда. Сообщите сколько таких атомов.
- Изобразите выделенные атомы шариками размера больше, чем у лиганда. Раскрасьте по типам атомов.
- Добавьте к изображению молекулы воды, входящие в 5-и ангстремную окрестность лиганда. Покрасьте их оттенком красного, отличного от стандартного красного для кислородов.
- Найдите атом белка, ближайший к лиганду, и сообщите расстояние от него до лиганда.
- (*) Выделите целиком остатки, атомы которых вошли в 5-и ангстремную окрестность лиганда. Изобразите выделение в проволочной модели.