Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2019

Программа коллоквиума 12 марта 2021

На коллоквиуме нужно будет:

  1. Открыть в MEGA выравнивание последовательностей белков отобранных вами бактерий, ответить на вопрос, что это за белки.
  2. Продемонстрировать реконструкции филогении несколькими методами, рассказать про эти методы.
  3. Для одного из деревьев: указать все нетривиальные ветви.
  4. Открыть на своей странице изображение эталонного дерева данных организмов. Сказать, отличается ли топология реконструированного дерева от топологии эталонного. Если отличается, то указать различающиеся ветви. Если нет, то объяснить, почему вы в этом уверены. То же про укоренение.
  5. Провести бутстреп-анализ (метод Neighbor-Joining, число реплик 100).
  6. Объяснить, как проводится бутстреп-анализ, в частности, смысл чисел на ветвях.
  7. Отличаются ли по топологии два дерева ("Original tree" и “Consensus tree”), если да, то какими ветвями? Какое дерево ближе к эталонному? Если не все ветви верные: верно ли, что неверные ветви хуже поддержаны?
  8. Открыть в MEGA выравнивание белков с добавленной последовательностью BACSU.
  9. Реконструировать дерево методом Maximum parsimony.
  10. Укоренить в ветвь, отделяющую BACSU.
  11. Получить изображение укоренённого дерева протеобактерий (без BACSU). Прокомментировать качество реконструкции (топологию и укоренение).
  12. Открыть в MEGA выравнивание последовательностей 16S РНК, провести реконструкцию, прокомментировать аналогично белкам.

Все файлы должны быть готовы заранее, при этом лежать в таких директориях и называться так, чтобы вы их находили без проблем, с первой попытки. Последовательности в выравниваниях должны называться мнемониками видов.

Кроме того, нужно будет ответить на один-два вопроса из следующего списка: