Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2019

2.

  1. Программа FIMO.
    • Если MEME suite работает. Самый простой вариант
      • Запустите MEME (как вы делали ранее)
      • MEME HTML output
      • Submit/Download
      • FIMO submit
      • Input the sequences: Upload sequences (т.е. один или сразу несколько геномов коронавирусов в одном фаста файле)
        • Замечание. Вместо результата MEME, можно загрузить свою матрицу PWM или паттерн. Форматы описаны в help'е (нажать "?")

      • Advanced options
        • scan given strand only
        • Подбирайте порог E-value так, чтобы получить требуемый результат
        • Start

На kodomo установлена консольная версия FIMO. Запустить её можно с помощью команды fimo [options] <motif> <sequences>. Как и в случае meme, к программе отсутствует документация в системах man и info. Более того, эта программа не понимает даже опций -h, --help, -? и т.д. Единственный способ получить по ней хоть какую-то справку в командной строке – запустить её без параметров. Подробное описание всех опций доступно по адресу http://meme-suite.org/doc/fimo.html?man_type=cmd .

Например, можно искать находки только на одной цепи, указав опцию --norc.

Консольная версия FIMO понимает только один формат файла с мотивами и PWM. Этот формат подробно описан здесь: http://meme-suite.org/doc/meme-format.html . Утилита meme выдает результаты на STDOUT именно в этом формате, если указана опция -text. Печатается значительно больше информации, чем необходимо для описания мотивов, но эта информация не мешает программе fimo. Поэтому выдачу meme -text можно целиком передавать в качестве первого аргумента при вызове fimo. Если хочется запустить поиск не всех мотивов, а только какого-то одного, обратите внимание на опцию -motif.

Если Вы запускали meme без опции -text, точно то же самое Вы можете найти в папке с выдачей программы, это файл с именем meme.txt.

Обратите внимание, при вызове meme и fimo опции необходимо указывать перед позиционными аргументами, иначе программы выдадут ошибку.

— ИР

Выводы

2b. Shine-Dalgarno

==== Копия подсказок к заданию для y14 ====

мин_координата

макс_координата

ориентация

ID_фрагмента

остальное

В качестве ID_фрагмента можно оставить AС гена; остальное – product. Такой файл можно сделать в Excel.