Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2020

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016
• 2015

• ...

Указания

Задание 1

• Свобода выбора сигнала. Ищите в источниках, доступных в интернет или печатных, если есть. Можно использовать wiki для поиска интересного сигнала. Но просто копировать текст из википедии - плохая идея. Плагиат наказывается. По ключевым словам в поисковике. Можно в запрос для google chrome добавить filetype:ppt - тогда будут выдаваться презентации формата .ppt

Или в базе данных pubmed. После введения запроса и Enter можно задавать фильтры. Есть такие фильтры: искать только обзоры (Review); или только (Free full text). И др.

Например, мой запрос signal[ti] bacterial genome с этими двумя фильтрами дал 22 находки.

[ti] значит искать предыдущее слово в заголовке статьи.

[au] - искать среди списка авторов

В задании указано что оценивается. Описание следует делать коротким - "краткость сестра таланта". И понятным. Ссылки на источники обязательны.

Задание 2

• 1a Таблицы генов для выбора https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

Предлагается скачанная мной табл. с генами белков человека .tsv формат, она же в формате .xlsx, отфильтрованная, но всё равно генов многовато.

В таблице координаты начала первого кодона ATG указаны как Thickstart если на прямой цепи, и ThickEnd – если на обратной.

1b python

• Если библиотека Request не входит в вашу установку python, для упрощения кода запросов командой инсталлируйте эту библиотеку.

     python -m pip install requests
     [Requests is an elegant and simple HTTP library for Python, built for human beings. https://docs.python-requests.org/en/latest/]

• Вот код для скачивания одного фрагмента генома человека по заданным координатам:

Чтобы найти нужный нукл. участок из базы данных необходимо ввести следующую команду:

https://rest.ensembl.org/sequence/region/human/{номер хромосомы}:{thickStart}..{thickEnd}:{ прямая или обратная цепь : 1, -1}?expand_3prime={кол-во нуклеотидов после стоп -кодона};expand_5prime={кол-во нуклеотидов перед ATG}

Например, для гена из таблицы найдем последовательность гена + 10 букв от старт-кодона:

https://rest.ensembl.org/sequence/region/human/1:450739..451678:-1?expand_3prime=0;expand_5prime=10

Внизу приведен пример кода, для автоматического скачивания фрагмента генома:

import requests, sys
server = “https://rest.ensembl.org”

ext = "/sequence/region/human/X:1000000..1000100:1?expand_3prime=60;expand_5prime=60"

r = requests.get(server+ext, headers={ "Content-Type" : "text/x-fasta"})

if not r.ok:
    r.raise_for_status()
    sys.exit()
print(r.text)

Координаты описываются в переменной ext. В примере геном человека, хромосома X, 1 = + цепочка (бывает -1) расширить координаты на 60 нукл с 3' и 5’ концов.

• У меня python 3.8.1 всё получилось

• Мария Волобуева (MV) проверила, что скрипт работает корректно, если задать корректные входные данные. Её адрес (mashila6799 жемэил), можно вопросы задавать. Она старшекурсница.

• 1b На странице

найдёте как тот же пример выполнить с помощью bash команд curl или wget. Проверил – тоже работает. Там же есть описание параметров для скачивания.

1. Тестовая выборка
   • (1) такие же фрагменты для других генов человека (2) 11 генов SARS-CoV-2 + не действующие ATG

Для проверки напишите программу, которая на вход получает PWM и набор последовательностей, в данном случае, фрагментов 7+3+3, на выходе – веса каждого из фрагментов относительно PWM. В этом задании я не программирование проверяю. Поэтому можно использовать программу написанную другим студентом (или ещё кем-то), конечно с указанием автора.

Хотел найти в интернет, там полно программ и сервисов для этого, но все они делают много ещё чего. Ещё познакомитесь с ними:)

Задание 3

Нужна ссылка на файл с результатом: матрицей с информационными содержаниями отдельных букв и колонок; итоговое информационное содержание сигнала; картинка LOGO; одну фразу, характеризующую силу сигнала. Из представленных данных проверяющий должен иметь возможность проверить примененную форму!

Сервис для LOGO: Web LOGO 3