2024
2023
2022
2021
2019
2018
2017
2016
Как выполнять задания занятия 2, если MEGA не работает
Почему-то на некоторых ноутбуках (особенно часто на MAС'ах) MEGA глючит или вообще не запускается. Что можно сделать?
Вариант 1: попробовать установить другую версию MEGA
Не исключено, что ваш компьютер конфликтует именно с MEGA 11, а MEGA X или MEGA 7 будут работать. См. варианты на https://megasoftware.net/
Вариант 2: делать задание через веб-интерфейсы
Самый хорошо сделанный интерфейс — на сайте https://ngphylogeny.fr/ .
Там надо выбрать вариант "A la Carte", сформировать Workflow, затем загрузить невыровненные последовательности в fasta-формате (то есть выравнивание заранее делать не надо, сервис сам это делает) и нажать "Submit". Перед этим нужно отредактировать названия последовательностей, оставив только мнемоники организмов, чтобы дерево было легче анализировать и сравнивать с деревом видов.
Чтобы получить результаты разных программ, надо всё повторить три раза с разными Workflow. Workflow рекомендую такие: MAFFT → FastME, MAFFT → TNT, MAFFT → PhyML. FastME — это минимальная эволюция, TNT — максимальная экономия, PhyML — максимальное правдоподобие.
Стадии "Alignment Curation" и "Tree Rendering" лучше опускать (просто ничего не отмечать в соответствующих разделах).
Дождавшись результата (это в среднем минут пять) необходимо скачать файл Output tree (там есть кнопочка Download) и открыть его же в iTOL (сервис предлагает это сделать, кнопочка слева в строке "Output tree"). Из iTOL надо: (а) сохранить исходную картинку; (б) если дерево с длинами ветвей, то нажать Advanced → Midpoint root и сохранить картинку дерева, переукоренённого в среднюю точку.
Таким образом, у вас должно получиться три серии по два-три файла, в каждой дерево в Newick-формате и одна или две картинки: исходное дерево и (для деревьев с длинами ветвей) переукоренённое. Все файлы вы должны будете без задержек предъявить на коллоквиуме, то есть они должны быть организованы (названия, папки и т.п.) так, чтобы вы легко находили каждый и сразу понимали, где какой. Ну и на все требуемые вопросы по этим деревьям нужно быть готовыми ответить, разумеется.
Если на том сайте что-то не будет работать, есть более старая версия: https://www.phylogeny.fr/ , там всё более или менее аналогично, тоже нужно выбирать "A la Carte", отключать "Alignment curation" и запустить три раза, тремя программами: PhyML, TNT и одним из дистанционных методов. Оттуда тоже нужно будет скачать формулу дерева в Newick формате (найдите эту малозаметную ссылку) и одну или две картинки.