Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2020

Занятие 3

Задания 1–3 вы готовите к коллоквиуму 11 марта, на котором показываете и объясняете результаты.

1. Укоренение с использованием внешней группы

MEGA автоматически укореняет деревья в среднюю точку, если это возможно. Деревья, построенные методом максимальной экономии ("Maximum parsimony") невозможно укоренить в среднюю точку (почему?), но можно укоренить с помощью внешней группы. Реконструируйте методом максимальной экономии укоренённое дерево отобранных вами бактерий, используя в качестве внешней группы белок того же семейства из сенной палочки (Bacillus subtilis, мнемоника BACSU в Uniprot).

Подсказка: необходимо добавить к файлу с невыровненными последовательностями белков актинобактерий последовательность белка из сенной палочки, после чего выровнять их вместе.

Затем надо отредактировать имена (оставив только мнемонику видов) и результат импортировать в программу MEGA. После реконструкции дерева нужно в меню Subtree выбрать Root и указать в качестве корня ветвь, ведущую к BACSU. Наконец, чтобы получить изображение укоренённого дерева без BACSU, нужно воспользоваться кнопкой "Show Subtree Separately" (изображение голубой лупы на фоне дерева на левой панели окна MEGA),

Сохраните выравнивание с отредактированными именами. Будьте готовы проделать описанные действия в MEGA и прокомментировать результат на коллоквиуме.

2. Бутстрэп

Проведите бутстрэп-анализ филогении своих белков, используя один из методов, доступных из программы MEGA. Для этого в окошке, которое открывается после вызова программы, в меню "Test of Phylogeny" выберите "Bootstrap method". Укажите число реплик, равное 100.

Отличаются ли деревья, названные "Original tree" и "Bootstrap consensus tree"? Если да, то какое из них ближе к правильному (близость определяется по числу общих ветвей). Верно ли, что неправильные ветви (если они присутствуют в полученной реконструкции) имеют меньшую поддержку, чем правильные? Будьте готовы ответить на вопрос о смысле чисел на ветвях.

3. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Постройте филогенетическое дерево тех же бактерий, что в предыдущих заданиях, используя последовательности РНК малой субъединицы рибосомы (16S rRNA).

Этапы работы:

На коллоквиуме 11 марта вы должны будете:

2020/4/task3 (последним исправлял пользователь sas 2022-02-24 15:35:05)