2023
2022
2021
2019
2018
2017
2016
2015
Задания 1-3
Реализуйте алгоритм DOMAK для разбиения структуры на домены. Воспользуйтесь заготовкой ipython-ноутбука по ссылке.
Примените алгоритм к выданному вам белку. Сравните результат с разметкой на домены согласно базам данных о структурных доменах SCOP и CATH, а также базе эволюционных доменов INTERPRO.
Задание 4* - на доп.баллы. Работа с разметкой вторичной структуры в ручном режиме
Работайте с тем же PDBID.
Сгенерируйте для него аннотации вторичной структуры с помощью 2Struc (правое окно). Выберите генерацию с помощью DSSP и с помощью STRIDE. Включение дополнительных разметок (например, STRIDE) происходит путем выбора в панели прямо над выравниванием внизу слева.
Найдите участки, которые эти две программы аннотировали по-разному. Выберите максимум 3 таких участка, изучите их вручную. Вынесите свой вердикт – какой тип вторичной структуры в этом месте? Какая программа оказалась ближе к вашему мнению? Как вам кажется, почему, какие особенности алгоритма на это могли повлиять?