Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2021

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016
• 2015

• ...

Программа коллоквиума 17 марта 2023

На коллоквиуме нужно будет:

1. Рассказать, что за белки были взяты для реконструкции филогении.
2. Продемонстрировать результаты реконструкции филогении тремя методами, рассказать про эти методы.
3. Для одного из деревьев: указать все нетривиальные ветви.
4. Открыть на своей странице изображение эталонного дерева данных организмов. Сказать, отличается ли топология реконструированного дерева от топологии эталонного. Если отличается, то указать различающиеся ветви. Если нет, то объяснить, почему вы в этом уверены. То же про укоренение.
5. Продемонстрировать результат бутстреп-анализа (задание 2 к занятию 3).
6. Объяснить, как проводится бутстреп-анализ, в частности, смысл чисел на ветвях.
7. Сравнить результат бутстреп-анализа с эталонным деревом. Если не все ветви верные: верно ли, что неверные ветви хуже поддержаны?
8. Продемонстрировать дерево с внешней группой, прокомментировать корректность укоренения с помощью внешней группы.
9. Продемонстрировать результат реконструкции филогении тех же бактерий по 16S РНК, сравнить с эталоном и прокомментировать.
10. Ответить на один-два вопроса из следующего списка:
    • Что такое ортологи и паралоги?
    • Почему дерево ортологичных белков не всегда совпадает с деревом соответствующих организмов?
    • Что такое "ультраметрическое дерево"? При каком предположении имеет смысл строить такое дерево?
    • Что такое свойство "аддитивности" (расстояний между листьями по дереву)
    • Объяснить, как расстояния между последовательностями оцениваются на основании принципа наибольшего правдоподобия.

    • Сколько ветвей у разрешённого дерева с n листьями? Сколько из них нетривиальных?

    • Как подсчитать число различных (разрешённых и неукоренённых) деревьев для заданного набора организмов?

Важно: все файлы, необходимые для ответов на вопросы 1–9, должны быть готовы заранее, при этом лежать в таких директориях и называться так, чтобы вы их находили без проблем, с первой попытки. Листья в деревьях должны называться мнемониками видов.