Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2021

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Указания

1. и 2.

• На сайте Pfam выберите поиск по ключевому слову. Например, я попробовал слово
  • Endonuclease. Знаю, что среди эндонуклеаз имеются малочисленные семейства.
• В полученном списке перейдите по ссылке на страницу какого-нибудь домена.
• Нажмите на ссылку sequences, не обращая внимания на то, что число sequences большое -
  • десятки тысяч или больше.
• На открывшейся странице смотрите на число последовательностей seed. Хорошо, если последовательностей seed несколько десятков. Если порог сотня немного превышен, то можно попробоват. Тогда первым делом после скачивания в Jalview примените в меню edit опцию remove redundancy. Может поможет уменьшить число последовательностей.
• Откройте выравнивание в Jalview и следуйте алгоритму поиска мотивов, описанному в презентации.

4.

• Можно использовать команду wordcount пакета EMBOSS на kodomo