Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2021

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Практикум 6: задания

Отчёт по этому заданию выкладывается на сайт со ссылкой со страницы семестра. Срок без потери баллов — 31 марта 2023. Срок со штрафом 0,5 балла — 7 апреля 2021.

1. Кратко опишите один интересный сигнал, закодированный в геноме

В описании укажите:

1. В чем состоит сигнал
2. Кому адресован
3. Предназначение - как должен реагировать адресат
4. Эффективность сигнала:
5. высокоэффективен если (почти) каждый раз адресат реагирует на сигнал
6. низко эффективен если адресат не всегда реагирует на сигнал
7. Любые использованные источники:
   • может сталкивались в курсовой или других мол.-биол. активностях своих или знакомых
   • литература и интернет

Что оценивается:

• понятность, логичность, простота и краткость описания;
• интересность, необычность сигнала или его кодировки.

2. Для одного из сигналов, заданного выравниванием нуклеотидных последовательностей, постройте PWM и оцените результаты поиска по этой PWM новых сайтов

Этапы

1. Выберите тип сигнала из предлагаемых ниже или любой другой
   1. [Kozak]Окрестность ATG кодона - старта транскрипции в геноме человека
   2. [Kozak]Окрестность ATG кодона - старта транскрипции в геноме другого млекопитающего
   3. [SD] Последовательность Шайна-Далгарно перед стартом трансляции генов в геноме штамма E.coli
   4. [SD] Последовательность Шайна-Далгарно перед стартом трансляции генов в геноме бактерии другого вида
   5. [XXX] Любой другой тип сигнала, для которого можно набрать более десятка известных последовательностей
2. [материал обучения] Составьте выравнивание (без гэпов) последовательностей сигнала для построения PWM.
3. [материал тестирования]Соберите последовательности, в которых ожидается наличие сигнала
4. [материал негативного контроля] Соберите последовательности, в которых не должно быть сигнала. Число последовательностей удобно взять равным числу последовательностей в п.3
5. Постройте PWM на материале обучения.
6. Вычислите веса для всех последовательностей из п.п. 2, 3 и 4.
7. Выберите порог веса, выше которого находка считается правильной. Для этого постройте гистограммы весов из п.п. 2, 3 и 4.
8. Представьте результат: PWM, гистограммы весов, таблицу 2х3 результатов проверки. Столбцов три соответствуют выборкам 2, 3, и 4. Строк две: сигнал(+), сигнал(-). В ячейке число последовательностей
9. Напишите выводы

3. Вычислите информационное содержание сигнала из задания 2, и постройте Logo

На выходе нужно получить

• 1) матрицу информационного содержания IC(b,j) для выравнивания из материала обучения. См Лекцию. 2) LOGO можно построить используя сервис WebLOGO 3. Ссылка стоит в подсказках.

4. Посчитать число сайтов GAATTC в полном геноме одного штамма E.coli

Определите на сколько и в какую сторону оно отличается от ожидаемого по статистике, достоверно ли отличие.