2024
2023
2022
2020
2019
2018
2017
2016
Практикум 1. Pymol.
Опорный навык структурного биоинформатика - презентовать структурную информацию понятным для читателя образом. См. любую статью, для которой была разрешена структура, методом РСА или другим. Эта работа всегда сопровождается картинкой с определенной иерархией типов отображения структурной информации, рассказывающей историю, доносящей информацию. "Этот белок имеет форму пятиугольника", "для связывания лекарства достаточно 3 водородных связей", "При связывании аллостерического модулятора происходит закрытие активного центра" и т.д. Отчетность по практикуму: документ с текстом, изображениями, подписями к изображениям и ссылкой на сессию Pymol для первого задания. Можете оформлять практикум как web-страницу на вашем сайте или как pdf-документ, выложенный в public-html в вашей директории на kodomo. Не забывайте записываться в очередь для сдачи ДЗ.
Для работы со структурами в этом семестре мы будем использовать молекулярный визуализатор Pymol. Презентация с инструкцией по установке и подсказками по использованию - тут. Вы можете использовать любые альтернативные визуализаторы (VMD, NGLview и тд).
Задание 1.
В этом задании вам дана модель комплекса белок-лиганд. PDBid - тут, файлы - тут.
Ваша задача – на этой модели отработать навыки работы с визуализатором Pymol и подготовить 1 картинку. На картинке покажите лиганд и окружающие его остатки так, чтобы было понятно, где он располагается и с чем потенциально взаимодействует.
Какие взаимодействия образует лиганд с окружающими остатками? Разметьте на картинке взаимодействия следующих типов, если они есть:
- Водородные связи
- Солевые мостики
- Стэкинг (втч пи-катионный, если есть)
Придумайте цветовую схему, по которой вы будете отмечать разные типы взаимодействий. Создать прерывистую линию можно с помощью инструмента wizard > measure. Обратите внимание на режимы - можно измерять расстояние как между двумя атомами, так и между центрами ароматических колец. Это будет полезно для отображения стэкингов и пи-катионных взаимодействий.
Добавьте подписи – название фрагмента и номера и названия остатков, взаимодействие с которыми, на ваш взгляд, наиболее важно. Отрендерите изображение с помощью ray или draw. Постарайтесь добиться максимальной информативности, публикабельности и эстетичности изображения.
Задание 2.
Для данного вам PDB ID визуализируйте электронную плотность. Скачайте карту ЭП из базы PDB (см. презентацию про Pymol). Визуализирейте её в виде mesh.
Подготовьте картинку, отображающую покрытие ЭП в районе лиганда и окружающих его остатков. Установите уровень подрезки 1. Опишите, что на ваш взгляд лучше покрыто электронной плотностью - лиганд или аминокислоты белка.