2023
2021
2020
2019
2018
2017
2016
2015
Программа коллоквиума
Вопросы 1–5 засчитываются автоматом у студентов, получивших зачёт за контрольную по лекции 8.
- Сигналы в ДНК
- Сила сигнала (Л8, слайд 5)
- Что закодировано в геноме: что изучено хорошо, что изучено недостаточно (Л8, слайды 6-12)
- Характеристики сигнала в геноме (Л8, слайд 13)
- Основные сигналы в геноме
- Репликация у бактерий (Л8, слайды 15-18)
- Транскрипция: старт и терминация (Л8, слайды 19-25)
- Старт трансляции (Л8, слайды 26-30)
- Технологии поиска и описания сигналов в геноме
- Перечислить основные виды описаний при наличии выборки известных сигналов (Л8, слайд 32)
- Метилирование ДНК как один из видов эпигенетики у животных. Воспроизведение статуса метилирования ДНК при репликации (Л8, слайды 34-38)
- Метилирование ДНК у прокариот (Л8, слайды 39-46)
- Позиционная весовая матрица (PWM)
- Этапы использования PWM (Л8, слайд 47)
- Почему короткие сигналы в ДНК не содержат гэпов (Л8, слайды 48-49)
- В чём недостатки паттернов для описания и поиска сигналов (Л8, слайд 50)
- Шаги вычисления матрица PWM. Вес последовательности выровненной с PWM (Л8, слайды 51-57)
- Энтропия (H) и информационное содержание (IC) (Л8, слайды 60-64)
- Формула IC по Шнайдеру (Л8, слайд 61)
- Единицы измерения IC и максимальное значение IC колонки выравнивания сигналов; LOGO
- Распространённые укладки ДНК узнающих доменов транскрипционных факторов (Л9, слайды 9-14, 19)
Поиск сигналов de novo пакет MEME
- Алгоритм MEME (Л9, слайды 26-27)
- FIMO: вход, выход (Л9, слайд 33)
- Мотивы в доменах белков (Л10, слайды 4-5)
- Поиск мотивов в выравнивании
- ДНК метилтрансферазы. Работа в классе пр.10 (Л10, слайды 7-12)
- Составление паттерна, поиск по паттерну. Формат Prosite (Л10, слайды 23-26)
- Паттерны в Jalview (Л10, слайды 22, 27-29)
- Position specific scoring matrix (PSSM)
- Использование PSSM (Л10, слайд 40)
- В чём сходство с PWM (Л10, слайды 33-35)
- В чём отличие от PWM (Л10, слайды 35, 36-39)
- PSI-BLAST
- Алгоритм PSI-BLAST (Л10, слайды 41-42)
- Использование MEME для последовательностей белков (Л10, слайд 47)
- Недо- и пере-представленность слова в ДНК
- Почему может быть интересно (Л10, слайд 51)
- Контраст (CB) по Карлину (Л10, слайды 53-55)
- HMM-profiles
- Применение профилей (Л11, слайд 16)
- Отличие профилей от PSSM (Л11, слайд 16)
- Этапы построения и использования профиля (Л11, слайд 18)
- HMM-профиль как «автомат» для генерации последовательностей (Л11, слайды 22-27) [распечатка]
- Текстовый формат .hmm HMM-профиля (Л11, слайды 31-32) [распечатка]
- Отличия пакета HMMER3 от HMMER2 (Л11, слайд 35)
- Домены и Pfam
- Домен и доменная архитектура (Л11, слайды 40-45) [распечатка]
- Единица хранения в Pfam (Л11, слайд 46)