2024
2023
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Практикум 1. Филогенетическое дерево.
Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. Позже вы будете сравнивать это дерево с реконструкциями филогении тех же бактерий по последовательностям их белков. Отчёт по занятию должен появиться на сайте к утру дня следующего занятия.
Из нижеследующего списка протеобактерий выберите 7–8 названий.
Название |
Мнемоника |
Acidiphilium cryptum |
ACICJ |
Agrobacterium fabrum |
AGRFC |
Aromatoleum aromaticum |
AROAE |
Bartonella henselae |
BARHE |
Bordetella pertussis |
BORPE |
Brucella suis |
BRUSU |
Burkholderia mallei |
BURMA |
Escherichia coli |
ECOLI |
Haemophilus influenzae |
HAEIN |
Neisseria meningitidis |
NEIMA |
Paracoccus denitrificans |
PARDP |
Pasteurella multocida |
PASMU |
Polynucleobacter asymbioticus |
POLAQ |
Proteus mirabilis |
PROMH |
Pseudomonas aeruginosa |
PSEAE |
Pseudomonas mendocina |
PSEMY |
Rhizobium meliloti |
RHIME |
Roseobacter denitrificans |
ROSDO |
Saccharophagus degradans |
SACD2 |
Serratia proteamaculans |
SERP5 |
Shewanella denitrificans |
SHEDO |
Thiobacillus denitrificans |
THIDA |
Yersinia pestis |
YERPE |
Руководствуясь приведённым ниже филогенетическим деревом, нарисуйте дерево выбранных вами организмов (для наглядности будем везде использовать мнемоники организмов вместо их полных видовых названий):
Приведите в отчёте:
а) скобочную формулу дерева;
б) изображение дерева;
в) список нетривиальных ветвей как разбиений множества листьев.
Напоминание: мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.
В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка таблицы). Но если вы будете их использовать, в отчёте обязательно должна присутствовать их расшифровка, то есть таблица отобранных видов с указанием мнемонического обозначения каждого вида.
Совет по созданию изображения. Можно, конечно, нарисовать дерево в каком-нибудь графическом редакторе. Но рисунок получится красивее, а вы сэкономите усилия, если поступите следующим образом. Нарисуйте дерево ручкой на бумаге. Затем создайте файл со скобочной формулой и загрузите его в сервис iTOL.
Пример отчёта
(здесь пять видов, у вас же их должно быть не менее семи).
