1. Выберите материал для построения профиля и тестирования

2. Постройте HMM-профиль семейства белков и определите порог веса находки

3. Выполните тестирование созланного профимя на метстовых материалах

1.1 Выберите домен и доменную архитектуру, содержащую этот домен

• Пожелание: выбирайте домен, почему-либо интересный вам: он из белка, про который вы что-то знаете или понятна его функция или ещё почему-либо
• Требования:
  1. Выбирайте домен
     1. c числом последовательностей в full менее пары сотен, но более 40
     2. cредняя длина домена - менее 150 (чтобы не усложнять свою работу)
     3. Среднее сходство (identity) более 40%
     4. Средний процент покрытия последовательности белка доменом (coverage) оставляет место для второго домена

     5. число доменных архитектур >= 2; при этом два одинаковых домена, идущие подряд, считать за один - чаще всего, это HMM профиль нашёл начало домена и конец домена в последовательности, а середину не нашёл

     6. Одна из доменных архитектур подходит для выбора
  2. Выбираете доменную архитектуру
     1. в ней есть ещё один домен, кроме выбранного; рекомендуется взять именно двухдоменную архитектуру
     2. встречается более, чем у 20 белков но менее чем у половины белков с выбранным доменом.

Все численные пороги - ориентировочные, выбирал так, чтобы получить наглядные результаты, упростить вашу работу и сделать её, по возможности, осмысленной.

1.2 Скачайте полные последовательности выборки full в формате fasta

1.3 Составьте таблицу c колонкой АС всех последовательностей full, отметьте какие имеют выбранную доменную архитектуру

1.4 Постройте выравнивание последовательностей с выбранной доменной архитектурой

1.5 Проведите ревизию выравнивания

1.6 Создайте HMM-профиль двух-доменной архитектуры

1.8 На сайте кратко и понятно опишите результат и напишите заключение

• 1) Описание домена
  1. Идентификатор и название домена
  2. Число белков с доменом в выборках seed, full и Uniprot
  3. Длину профиля HMM домена из Pfam
  2) Описание подсемейства
  1. Идентификатор и название 2го домена. Порядок доменов в архитектуре
  2. Число белков с архитектурой в вашем выравнивании
  3. Команды построения профиля, калибровки, поиска по профилю
  4. Длину профиля HMM двухдоменной архитектуры, созданного вами. Считают только строки m (match)
  3) Сопроводительные материалы, доступные по ссылке или лежащие в указанной вашей директории на kodomo
  1. Таблицу с колонками:
     • (1) AC белков с доменом; (2) отметка о выбранной архитектурой белка; (3) отметка о включении белка в выравнивание для построения HMM Профиля (4-5) для последовательностей, найденных вашим профилем вес находки и E-value
  2. Файл c последовательностями full в fasta, использованные для поиска по вашему профилю
  3. Файл с выравниванием белков с выбранной архитектурой
  4. Файл с выравниванием белков после ревизии, использованный для построения HMM профиля
  5. HMM профиль после калибровки как файл
  6. Файл с результатами HMMsearch

Входные данные для программы поиска по профилю - построенный профиль и множество последовательностей для которых известно про каждую последовательность входит она в семейство или нет. В качестве такого множества предлагается взять последовательности всех белков, содержащих ОДИН ВЫБРАННЫЙ ВАМИ домен, входящий в доменную архитектуру (никаких ограничений на наличие или число других доменов).

Что должно быть представлено для проверки по HMM профилю

1. Гистограмма длин белков семейства и указание выбранного интервала характерных длин.
2. Выравнивание последовательностей выборки
3. Таблица с результатами поиска по профилю и колонкой с отметкой, совпадает ли доменная архитектура с выбранной. И колонки: чувствительность при данном пороге и единица минус специфичность.

Дополнительное задание

==2. Постройте филогенетическое дерево для выбранного домена и проверьте образуют ли кладу в нем белки с выбранной доменной архитектурой ==