Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2022

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016
• 2015

• ...

Практикум 8: задания

Отчёт по этому заданию выкладывается на сайт со ссылкой со страницы семестра. Срок без потери баллов — 20 апреля 2024. Срок со штрафом 0,5 балла — 27 апреля 2024.

1. Кратко опишите один сигнал, закодированный в геноме

Включает литературную составляющую и демонстрацию примеров сигнала

Варианты предложены в пояснениях, можно и приветствуется взять другой

В описании укажите:

1. Название сигнала
2. В чем состоит сигнал
3. Кому адресован
4. Предназначение - как должен реагировать адресат
5. Силу сигнала (можно высказать гипотезу)
6. Примеры сигнала
7. Использованные источники

Что оценивается:

• понятность, логичность, простота и краткость описания;
• интересность, необычность сигнала или его кодировки.

2. Для одного из сигналов в геноме найдите последовательности представителей, постройте PWM и оцените результаты поиска по этой PWM новых сайтов

Этапы

1. Выберите тип сигнала из предлагаемых ниже или любой другой
   1. [Kozak]Окрестность ATG кодона - старта транскрипции в геноме человека
   2. [Kozak]Окрестность ATG кодона - старта транскрипции в геноме другого зверя
   3. [Kozak]Окрестность ATG кодона - старта транскрипции в геноме бактерии или археи
   4. [SD] Последовательность Шайна-Далгарно перед стартом трансляции генов в геноме штамма E.coli
   5. [SD] Последовательность Шайна-Далгарно перед стартом трансляции генов в геноме бактерии другого вида
   6. [XXX] Любой другой тип сигнала, для которого можно набрать более десятка известных последовательностей
2. [материал обучения] Составьте выравнивание (без гэпов) последовательностей сигнала для построения PWM.
3. [материал тестирования]Соберите последовательности, в которых ожидается наличие сигнала
4. [материал негативного контроля] Соберите последовательности, в которых не должно быть сигнала. Число последовательностей удобно взять равным числу последовательностей в п.3

5. Постройте PWM на материале обучения. В BioPython есть такой метод. Использовать его можно.Но на коллоквиуме всё равно придется ответить про PWM

6. Вычислите веса для всех последовательностей из п.п. 2, 3 и 4.
7. Выберите порог веса, выше которого находка считается правильной. Для этого постройте гистограммы весов из п.п. 2, 3 и 4.
8. Представьте результат: PWM, гистограммы весов, таблицу 2х3 результатов проверки. Столбцов три соответствуют выборкам 2, 3, и 4. Строк две: сигнал(+), сигнал(-). В ячейке число последовательностей
9. Вычислите информационное содержание IC выравнивания
10. Постройте LOGO. LOGO можно построить используя сервис WebLOGO 3. Ссылка стоит в подсказках.
11. Напишите выводы