2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Практикум 11. Гомология и выравнивание
Результаты оформляются в виде отдельной страницы на своём сайте.
Дедлайны. Мягкий — 29 апреля, жесткий — 6 мая.
1. Вам необходимо выбрать семейство белковых доменов из базы Pfam
Для выбора домена обратитесь к таблице (список доменов Pfam на апрель 2023).
У выбранного домена должно быть:
- Более 20 последовательностей в выравнивании seed (колонка #seed)
- Хотя бы 3 структуры (колонка #structures)
В отчете укажите AC и Summary name домена, который вы выбрали. Белковый домен понадобится при выполнении следующего практикума.
2. Скачайте выравнивание выбранных Вами белковых доменов
Для этого необходимо в JalView выполнить File → Fetch sequences → в меню Select Database выбрать PFAM (Seed) → ввести в окошко AC домена → OK.
3. Опишите выравнивание белковых доменов с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества
- Опишите максимальный блок достоверного выравнивания,включающий фрагменты из всех последовательностей.
- Опишите какой-нибудь блок, включающий фрагменты не из всех последовательностей.
- Укажите участок выравнивания, на котором нет оснований считать, что выравнивание отражает ход эволюции.
Для каждого пункта задания необходимо в JalView создать три вида выравнивания (View → New View). Каждому виду нужно дать название в соответствии с пунктом, который он иллюстрирует.
В отчете приведите заполненную таблицу: [ таблица для заполнения ]. В отчете приведите гиперссылку на проект JalView (файл .jvp).