2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Практикум 12. Семейства белковых доменов. PFAM
1. Кратко опишите семейство доменов, выбранное в 11-ом практикуме
Включите формальные данные: AC семейства (PF-номер), Name (полное название), число последовательностей в seed и full (=all).
Число доменных архитектур. Можно написать что-нибудь про них, если найдёте что-нибудь интересное.
Опишите что-нибудь о функции и/или 3D структуре домена. То, что понятно вам, на русском языке и так, чтобы было интересно вам, а значит, и читателю. Не старайтесь перевести всё, что написано в аннотациях. Лучше меньше, да лучше!
Напишите о таксономической распространённости домена.
Рекомендуем скопировать, заполнить и включить в отчёт таблицу 12-1.
2. Постройте карту локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой
Скопируйте, заполните и включите в отчёт таблицу 12-2.
Приведите карту и прокомментируйте её.
3*. Дополнительное. Верно ли, что домены, входящие в состав белков с разной доменной архитектурой, достоверно различаются?
Выберите две доменные архитектуры с Вашим доменом.
Укажите в отчёте, какие это доменные архитектуры и сколько белков с каждой из архитектур в выравнивании.
В отчёте приведите примеры различий в виде картинок выравниваний участков (или самих выравниваний участков) с подписями, в чем различие. В отчёте оставьте гиперссылку на выравнивание в виде проекта Jalview. В окне с выравниванием доменов из двух архитектур домены из архитектур должны быть сгруппированы: сверху домены из одной архитектуры, снизу из другой.
Интерес задания — в эволюции. Если доменные архитектуры образовались из уже разошедшихся в эволюции доменов, то домены из разных архитектур будут достоверно различаться. Если при образовании двух доменных архитектур в многодоменный белок включался общий предок рассматриваемых доменов, то различие доменов из архитектур определяется эволюционным временем от этого общего предка и отличие между доменами из разных архитектур будет не настолько значительным. Возможна и третья ситуация: одна или обе доменные архитектуры образовывались в эволюции более одного раза, тогда характерных признаков архитектур в последовательностях доменов не будет.