Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2024

Введение в программирование и язык программирования Python

Рекомендуемая литература

  1. Изучаем Python. Марк Лутц
  2. Introduction to Computation and Programming Using Python, John V. Guttag

Материалы занятий

Часть1: Общий Python

Лекция

Тема занятия

ДЗ

1.

Colab

Вводная лекция

ДЗ

2.

Colab

Модуль collections. random. Функции. Help функции. Рекурсия. Области видимости переменных. Typing hints.

ДЗ

3.

Презентация

Вайбкодинг с примерами. Conda, mamba. Среды и окружения. Jupyter. Про модуль argparse.

ДЗ

4.

Colab

Лямбда-функции, списочные сокращения. Итераторы, генераторы.

ДЗ

5.

Colab

Исключения. Чтение из файла, запись в файл. json, pickle. Модули glob, shutil, pathlib, os, os.path.

ДЗ

6.

Презентация

Вводная лекция про subprocess, многопоточность и асинхронность.

ДЗ

7.

Colab

Продолжение про subprocess, многопоточность и асинхронность.

ДЗ

Часть2: Python для анализа данных

Лекция

Тема занятия

ДЗ

8.

Colab

Вводная лекция: numpy, scipy, statsmodels.stats.multitest

ДЗ

9.

Colab

Пакет NumPy для высокопроизводительных вычислений в Python. Векторизация операций. Reshape, resize, transpose, order. Работа с пропущенными значениями.

ДЗ: оставшиеся задачи семинара

10.

Colab

Пакет Pandas для анализа данных в Python. Классы Series и DataFrame как способы представления табличных данных. Операции с DataFrame. Индексация, интерфейсы индексации loc и iloc. Фильтрация данных. Группировка таблиц по выбранной колонке. Объединение таблиц: concatenate, join, merge.

11.

Colab

Пакет Matplotlib для визуализации данных. Базовые способы визуализации: линейный график, диаграмма рассеяния. Гистограммы и графики вида “ящик с усами”. Столбчатые диаграммы. Пакет Seaborn как набор шаблонов визуализации. Тепловая карта с кластеризацией и без. Интерактивные графики и библиотеки для них. Задачи на статистику.

12.

Colab

Визуализация. Поправки на множественное тестирование.

13.

Colab

Polars and extra stuff, биопитон как читалка форматов

Полезности для коллоквиумов

1. Коллоквиум 1

Файлы к зачёту

  1. attention.csv

  2. car_crashes.csv

  3. experiments.tsv

  4. flights.csv

  5. freezer_tree.json

  6. geyser.csv

  7. glue.csv

  8. healthexp.csv

  9. incubator.log

  10. nested_lists.jsonl

  11. peaks.bed

  12. penguins.csv

  13. server_errors.log

  14. student-por.csv

2024/Python (последним исправлял пользователь pdd 2026-05-25 11:30:17)