2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 3
В рамках этого практикума Вам потребуется рассмотреть запись в базе PDB. Список pdb_id: тут
В базе PDB найдите структуру с заданным вам pdb_id. Скачайте файл структуры в формате .pdb (Legacy PDB format). В случае проблем со скачиванием можно взять файл отсюда.
Опишите её по следующим критериям:
Структура в целом
- Какой тип макромолекул представлен?
- Сколько полимерных цепей присутствует в структуре? Есть ли среди них идентичные по последовательности?
- Сколько цепей и каких входит в одну биологическую единицу?
Отдельные цепи
Для каждой полимерной цепи:
- к какому организму относится данная макромолекула?
- укажите uniprot_id, название и функцию данной цепи из базы Uniprot.
- Есть ли мутации в последовательности относительно референса из Uniprot?
- Есть ли в составе цепи модифицированные аминокислотные остатки? Если да - найдите соответствующие строки в файле pdb и сохраните их в новый файл. Дайте ссылку на него в отчёте.
Малые молекулы
- Какие малые молекулы присутсвуют в записи? Для каждого типа малых молекул укажите краткое (3 символа) и полное (Name) наименование.
- Для каждого типа малых молекул найдите соответствующие строки в файле pdb и сохраните их в новый файл. Дайте ссылку на него в отчёте.
- На доп.баллы: обратитесь к статье, описывающей получение данной структуры. Какую функцию несут представленные в структуре малые молекулы? Связаны ли они с выполнением функции белка и его расположением в клетке или были добавлены искусственно в процессе получения структуры?