2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 5
В рамках этого практикума Вам потребуется найти в вашем белке взаимодействия между аминокислотными остатками. Работайте со структурами, рассматриваемыми в прошлом задании. Список pdb_id: тут
Найдите и подготовьте иллюстрации контактов следующих типов:
- Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка
- Водородная связь, затрагивающая атомы боковых радикалов аминокислот
- Солевой мостик (если их нет - продемонстрируйте это, покажите все положительно и отрицательно заряженные АК в белке и укажите минимальное расстояние между разнозаряженной парой боковых радикалов)
- Дисульфидная связь (если их нет - продемонстрируйте это, покажите все цистеины белка на одной картинке)
- Стекинг (если их нет - продемонстрируйте это, покажите все ароматические кольца белка)
Подсказки
Для поиска контактов пригодятся следующие инструменты PyMOL:
- Измерение (расстояний, углов и проч). Расстояние между двумя выборками можно измерить с помощью команды "distance mydistname, (selection1), (selection2)". Также можно измерять расстояния с помощью инструмента из меню "Wizard - Measurements" (в верхнем меню программы). Что измерять (расстояния, углы, двугранные углы, расстояния между ароматическими кольцами) - можно выбрать в появившейся менюшке под списком активных объектов (см последние слайды презентации).
- Встроенный поиск контактов. Обратите внимание: алгоритм поиска полярных контактов в PyMOL не всегда корректно справляется во своей задачей и требует дополнительной ручной проверки! Используйте его только для получения начальной гипотезы о наличии контактов! (см последние слайды презентации).
Добавление водородов. У большинства ваших структур атомы Н отсутствуют из-за особенностей метода получения структур. Добавить их можно двумя путями. Первый вариант - встроенный в PyMOL алгоритм добавления (см последние слайды презентации). Однако, такой алгоритм ничего не знает о рН структуры и добавляет атомы Н не ориентируясь на реальный рК остатков. Кроме того, возможны ошибки по причине некорректно рассчитанных валентностей атомов. Для быстрого добавления атомов Н в понятные места (например, на остов) он подойдёт, но в сложных случаях (заряженные остатки, гистидин, концы цепи) лучше пропустить свою структуру через сервис протонирования https://server.poissonboltzmann.org/pdb2pqr . Укажите PDB ID вашей структуры и рН, при котором она была получена (указано на странице структуры в базе данных PDB). Остальные параметры оставьте по умолчанию. После запуска скачайте получившийся файл в формате pqr и откройте в PyMOL.