2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 11. Гомология и выравнивание. Домены. JalView
Результаты оформляются в виде отдельной страницы на своём сайте.
Дедлайны. Мягкий — 28 апреля, жесткий — 5 мая.
1. Вам необходимо выбрать семейство белковых доменов из базы Pfam
Для выбора домена обратитесь к таблице (список доменов Pfam на апрель 2023).
У выбранного домена должно быть:
- Более 20 последовательностей в выравнивании seed (колонка #seed)
- Хотя бы 3 структуры (колонка #structures)
2. Кратко опишите семейство выбранное доменов
Включите формальные данные: AC семейства (PF-номер), Name (полное название), число последовательностей в seed и full (=all).
Число доменных архитектур. Можно написать что-нибудь про них, если найдёте что-нибудь интересное.
Опишите что-нибудь о функции и/или 3D структуре домена. То, что понятно вам, на русском языке и так, чтобы было интересно вам, а значит, и читателю. Не старайтесь перевести всё, что написано в аннотациях. Лучше меньше, да лучше!
Напишите о таксономической распространённости домена.
Рекомендуем скопировать, заполнить и включить в отчёт таблицу 11-1.
3. Опишите выравнивание белковых доменов (seed) с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества
Загрузить выравнивание seed можно со страницы домена в InterPro или в JalView выполнить File → Fetch sequences → в меню Select Database выбрать PFAM (Seed) → ввести в окошко AC домена → OK.
- Опишите максимальный блок достоверного выравнивания,включающий фрагменты из всех последовательностей.
- Опишите какой-нибудь блок, включающий фрагменты не из всех последовательностей.
- Укажите участок выравнивания, на котором нет оснований считать, что выравнивание отражает ход эволюции.
Для каждого пункта задания необходимо в JalView создать три вида выравнивания (View → New View). Каждому виду нужно дать название в соответствии с пунктом, который он иллюстрирует.
В отчете приведите заполненную таблицу: [ таблица 11-2 ]. В отчете приведите гиперссылку на проект JalView (файл .jvp).
4. Постройте карту локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой
Скопируйте, заполните и включите в отчёт таблицу 11-3.
Приведите карту и прокомментируйте её.
5*. Дополнительное. Верно ли, что домены, входящие в состав белков с разной доменной архитектурой, достоверно различаются?
Выберите две доменные архитектуры с Вашим доменом.
Укажите в отчёте, какие это доменные архитектуры и сколько белков с каждой из архитектур в выравнивании.
В отчёте приведите примеры различий в виде картинок выравниваний участков (или самих выравниваний участков) с подписями, в чем различие. В отчёте оставьте гиперссылку на выравнивание в виде проекта Jalview. В окне с выравниванием доменов из двух архитектур домены из архитектур должны быть сгруппированы: сверху домены из одной архитектуры, снизу из другой.
Интерес задания — в эволюции. Если доменные архитектуры образовались из уже разошедшихся в эволюции доменов, то домены из разных архитектур будут достоверно различаться. Если при образовании двух доменных архитектур в многодоменный белок включался общий предок рассматриваемых доменов, то различие доменов из архитектур определяется эволюционным временем от этого общего предка и отличие между доменами из разных архитектур будет не настолько значительным. Возможна и третья ситуация: одна или обе доменные архитектуры образовывались в эволюции более одного раза, тогда характерных признаков архитектур в последовательностях доменов не будет.