2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 12. Алгоритмы и программы множественного выравнивания.
Результаты оформляются в виде отдельной страницы на своём сайте. Дедлайны: мягкий — 5 мая, жесткий — 12 мая.
Задания
1.(*) Реализуйте алгоритм сравнения разных выравниваний одних и тех же последовательностей, описанный в презентации
Если студент или маленькая команда (2-4 человека) быстро напишут программу и инструкцию по её использованию и передадут её всем студентам, то авторы получают зачёт задания с бонусом.
Требования.
- программа запускается из командной строки
- с опцией -h выдаётся информация о том как запустить программу и требования ко входным данным
- выходной файл содержит список (i, j) одинаково выровненных колонок (см. презентацию)
- работа программы проверена как минимум на одном примере
- доступна краткая инструкция, в которой оговорены все условия на входные файлы, способ запуска, формат выходного файла
- выдаёт (в stdout, например) аналитическую информацию о сравнении (длину первого выравнивания, длину второго выравнивания, % одинаково выровненных колонок от длины каждого из выравниваний, ...)
2. Сравните выравнивания одних и тех же последовательностей тремя разными программами A, B, C
- В отчёте результаты сравнения выравниваний A с B и A с C.
Результат сравнения двух выравниваний — это список блоков одинаково выровненных колонок. Блок описывается так: (s1,f1)=(s2,f2); здесь s1 номер первой колонки блока, f1 номер последней колонки в выравнивании 1, аналогично в выравнивании 2; длина блока f1–s1+1 = f2–s2+1 ≥ 2
- Список одинаково выровненных колонок, не входящих в блоки
Гиперссылки на сравниваемые выравнивания в формате fasta для проверки результатов
- Гиперссылка на проект Jalview cо сравниваемыми выравниваниями
- Обсуждение результата. В частности, какое из выравниваний, B или C, больше похоже на A?
Методы
- Ручной метод в Jalview. Минимально следует найти три участка совпадения и два участка несовпадения для двух пар выравниваний.
- С помощью программы для сравнения выравниваний.
3. Постройте выравнивание по совмещению структур и сравните его с выравниванием программой MSA
Выберите минимум три последовательности с доменом, который Вы выбрали в pr11. Сделайте множественное выравнивание последовательностей любой программой MSA и множественное выравнивание последовательностей, полученное из структурного.
В отчете должно быть:
- Изображение совмещения структур (NB: все рисунки должны быть подписаны)
- Результат сравнения двух выравниваний — список блоков одинаково выровненных колонок (аналогично заданию 2)
- Список одинаково выровненных колонок, не входящих в блоки
Если выбран ручной способ сравнения, то нужно найти хотя бы три совпадающих и два несовпадающих участка.
Гиперссылка на сравниваниваемые выравнивания в формате fasta для проверки результатов
- Гиперссылка на проект Jalview cо сравниваемыми выравниваниями
- Обсуждение результата
Посмотрите, пожалуйста, пояснения перед тем, как делать задание.