Молекулярная биология

emboss

6.6.0

fastme

2.1.6.4

ncbi-entrez-direct

14.6.20210224

phylip

3.697

Выраванивания и поиск сигналов

cbcalc

1.2.2

clustalw

2.1

dialign

2.2.1-11

hmmer

3.3.2

hmmer2

2.3.2

mafft

7.475-1

meme

5.5.1

muscle

3.8.1551-2

ncbi-blast+

2.11.0

npge

0.5.8

pftools

3.2.6-1

prank

0.0.170427

wise

2.4.1-23

Работа с 3D-структурами и молекулярная динамика

apbs

3.0.0

autodock

4.2.6-8

autodock-vina

1.1.2-6

autogrid

4.2.6-8

dssp

4.0.0-2

gromacs

2020.6-2

hbplus

0.1-4

mopac

22.0.4

nucplot

0.1-4

openbabel

3.1.1

vienna-rna

2.4.17

x3dna

2.4.5

NGS

bamtools

2.5.1

bcftools

1.11-1

bedtools

2.30.0

bowtie

1.3.0

bowtie2

2.4.2-2

bwa

0.7.17-6

ensembl-vep

107.0

fastqc

0.11.9

gatk3

3.8-1

hisat2

2.2.1-2

macs

2.2.7.1-3

python-htseq

0.13.5-1

picard

2.27.5

samtools

1.11-1

snpEff

5.2a

spades

3.13.1

tabix

1.11-4

trimmomatic

0.39

vcftools

0.1.16-2

velvet

1.2.10

Программирование и вспомогательные средства

g++

10.2.1-1

gcc

10.2.1-1

git

2.30.2-1

pandoc

2.9.2.1-1

perl

5.32.1-4

python2

2.7.18-8 (без пакетов)

python3

3.9.13 (conda)

ruby

2.7.4