KALP пептид в DPPC бислое
Скачаем KALP пептид, files
- Превратим его в CG описание ( топология и координаты )
./martinize.py -f kalp.pdb -o topo.top -x conf.pdb -n cg
- Скрипт генерирует старую ссылку на силовое поле, поможем ему:
ln -s martini_v2.2.itp martini.itp
- Теперь создадим бокс вокруг пептида:
gmx editconf -f conf.pdb -box 7 7 7 -c -o ec
- И добавим 128 липидов dppc:
gmx insert-molecules -f ec -ci dppc.gro -o s -nmol 128
- Добавить также придется и топологию. Догадайтесь как? это связано с директивой include
- Конечно, надо добавить воду
gmx solvate -cp s.gro -cs water.gro -o solv.gro -radius 0.21
- Далее необходимо прописать воду (W) в поле Molecules файла топологии
- Как всегда надо провести оптимизацию геометрии
gmx grompp -f minimization.mdp -p -c solv.gro -o em gmx mdrun -deffnm em -v
- Если оптимизация произошла успешно, то можно запустить молекулярную динамику
gmx grompp -f dynamic.mdp -c em.gro -p -o md.tpr gmx mdrun -deffnm md -nt 1 -v -nsteps 3000000
Сравните ваш результат с http://cgmartini.nl/index.php/tutorials-general-introduction/proteins#membrane-protein , сделайте заключение об причинах, которые привели к разнице результатов.