Молекулярное моделирование биополимеров

В этом разделе я (Головин) буду выкладывать материалы по новому курсу "Молекулярное моделирование биополимеров".

Общая разбивка курса по темам

• содержание курса

Презентации к лекцям:

• Молекулярное моделирование в применении к биомолекулам, Введение

• Поиск новых био-активных молекул и химоинформатика

• Введение в квантовую механику

• Введение в квантовую механику Часть 2

• Введение в квантовую механику Часть 3

• Молекулярная механика

• Молекулярная механика и минимизация энергии

• Переходные состояния и молекулярная динамика

• Модификации молекулярной динамики и введение в методы Монте-Карло

• Анализ конформаций

• Моделирование структуры белков

• Расчёт значений свободной энергии

• Свойства лигандов, построение лигандов, QSAR

Вопросы к зачёту

• Список вопросов

Практические занятия

• Для факультета Биоинженерии и Биоинформатики

• Для курсов по Моделированию нано- и биоструктур

• Для курсов школы анализа данных Яндекса

Темы для докладов на последнем занятии

• Темы и правила докладов

Темы курсовых работ в моей лаборатории

• Темы

Дополнительные материалы и полезные ссылки

• Раздел про молекулярное моделирование на nehudlit.ru

• Книги на books.google.com:

  • Molecular Modelling. Priciples and Applications (Leach R. Andrew)

  • Modelling Molecular Structures (Hinchlffe Alan)

  • New algorithms for macromolecular simulation (B. Leimkuhler, Christophe Chipot, Ron Elber)

  • Computer simulation of biomolecular systems: theoretical and experimental application ( Wilfred F. van Gunsteren, Paul K. Weiner )

• Подсказака по использованию Pymol и Python от Александра Гришина

• Подсказака для сборки роликов и кадров созданных Pymol

• Приёмы использования объектов из PyMol в Blender.

• Cсылки на компьютерные программы для практикума:

  • Pymol 1.3r2. С возможностью создания роликов.

  • OpenMopac

  • GAMESS

  • PCGAMESS

  • GROMACS