Моделирование прохождения пептида сквозь бислой с помощью метадинамики

В результате предидущего задания вы получили бислой в воде, где пептид KALP лежит на интерфесе вода-липид

Давайте найдем стабильное положение пептида в этой системе с помощью метадинамики.

Для запуска достаточно использовать Gromacs с Plumed:

alias gmx='/home/preps/golovin/progs/bin/gmx-dftb'

• Создадим файл с инструкциями для метадинамики. Представим, что две коллективные переменные определяют проникновение пептида в бислой. Это растояние между центрами масс бислоя и пептида и угол между центральным остатком, конечным остатком и нормалью к бислою.

  • Итак сначала изучим как задать группу атомов https://plumed.github.io/doc-v2.4/user-doc/html/_group.html

  • Запись будет иметь вид (ВНИМАНИЕ, что бы это работало читаем https://plumed.github.io/doc-v2.4/user-doc/html/_d_i_s_t_a_n_c_e.html):

pep: COM ATOMS=1-x
bl: COM ATOMS=y-100 
dist: DISTANCE=pep,bl 
ang:ANGLE ATOMS=bl,pep,1

• Теперь пропишем сами параметры метадиамики:

METAD ARG=dist SIGMA=0.2 HEIGHT=0.5 PACE=100 LABEL=metad

• И добавим запись переменных в файл текстовый COLVAR

PRINT ARG=dist,metad.bias   STRIDE=10 FILE=COLVAR

• Всё это запишем в один файл с расширением dat
• Создадим новый tpr

gmx grompp -f dynamic.mdp  -c md.gro -p  -o meta.tpr

• Запустим, если молча упало, то смотрим в meta.log

gmx mdrun -deffnm meta -nt 1 -v -plumed meta.dat -nsteps 3000000