Моделирование самосборки липидного бислоя

1. Создайте рабочую директорию на удалённой машине (kodomo) с помощью WinSCP типа Ivanov, где Ivanov это ваш идентификатор.
2. Вам даны файлы:

   • дополнительной топологии для липида DPPC, dppc.itp.

   • параметры для липидов lipid.itp.

   • координаты одного липида dppc.gro.

   • Файл-заготовка тополгии системы b.top.

   • файл праметров для минимизации энергии em.mdp.

   • файл праметров для "утряски" воды pr.mdp pr.mdp.

   • файл праметров для молекулярной динамики md.mdp.

   • фалы силового поля

cp  -r /home/preps/golovin/progs/share/gromacs/top/gmx.ff .

скачайте их в рабочую директорию.

4. На основе одного липида созадим ячейку с 64 липидами.

   gmx genconf -f dppc.gro -o b_64.gro -nbox 4 4 4

c помощью editconf преобразуйте dppc.gro и b_64.gro в pdb файлы. Как пользоваться editconf см. в общих свединиях. Просмотрите результат в PyMol.

5. В текстовом редакторе в файле b.top установите правильное количество липидов в системе.
6. Сделаем небольшой отступ в ячейке от липидов, что бы добавить примерно 2500 молекул воды.

gmx editconf -f b_64.gro -o b_ec -d 0.5 

7. Проведём оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты молекул.

gmx grompp -f em -c b_ec -p b -o b_em -maxwarn 2
gmx mdrun -deffnm b_em -v

Отметье в отчёте изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Занесите начальное и конечное значение максимальной силы.

8. Добавим в ячейку молекулы воды типа spc.

gmx solvate -cp b_em -p b -cs spc216 -o b_s

9. Проведём "утряску" воды:

gmx grompp -f pr -c b_s -p b -o b_pr -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm b_pr -v

вероятно у вас будет взрыв системы тогда:

gmx grompp -f em -c b_s -p b -o b_empr -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm b_empr -v

и снова:

gmx grompp -f pr -c b_empr -p b -o b_pr -maxwarn 1
gmx mdrun -deffnm b_pr -v

10. Переформатируйте b_pr.gro и b_s.gro в pdb формат. И сравните визуально в PyMol изменеия в системах. Занесите наблюдения в отчёт.

11. Копируем файлы, не забывайте заменить Ivanov на Вашу директорию:

cd ..
scp -r ./Ivanov lom:_scratch/fbb

12. Запускаем тестовое моделирование на суперкомпьтере.

ssh lom
cd _scratch/fbb/Ivanov
module load gromacs/2020.3-gcc-gpu openmpi/1.8.4-gcc

cp /home/golovin/progs/gromacs-2016.3/share/top/residuetypes.dat .

cp -r /home/fbbstudent/_scratch/fbb/gmx.ff .

gmx grompp -f md -c b_pr -p b -o b_md -maxwarn 1
sbatch -N1 --ntasks-per-node=1 -e error.log -o output.log -t 5 -p test ompi /opt/ccoe/gromacs-2020.3-gcc-cuda/bin/gmx mdrun  -deffnm b_md -v

Запишите номер Вашей задачи. Просмотреть ход счёта можно в файле output.log

less slurm....
Нажмите shift+. для перехода в конец файла. 

Если файл не содержит ошибок, то переходим дальше:

13. Запускаем основное моделирование на суперкомпьтере.

sbatch -N1 --ntasks-per-node=1 -e error-gpu.log -o output.log -t 350 -p gpu ompi  /opt/ccoe/gromacs-2020.3-gcc-cuda/bin/gmx mdrun -deffnm  b_md -v

Запишите номер Вашей задачи.