Курс: Молекулярное моделирование в применении к биомолекулам.
Вопросы к зачёту
- Волновая функция
- Точное решение уравнения Шредингера Одно-электронный атом
- Метод самосогласованного поля, SCF
- Метод: Хартри-Фока, Подход Рутхана-Хола
- Базисные наборы
- Семи-эмпиричиские методы
- Описания базисных наборов для программы GAUSSIAN
- Теория функционала плотности, DFT
- Молекулярная механика Простое уравнение силового поля
- Электростатические взаимодействия. Двойное обрезание Суммирование Эвальда
- Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия Взаимодействия между разными типами атомов
- Минимизация энергии Минимумы, максимумы и стационарные точки Переходные состояния
- Молекулярная динамика Алгоритмы интегратора
- Периодические граничные условия
- Молекулярная динамика Список соседей
- Ограничения быстрых колебаний
- Температура Контроль давления в системе
- Гибридное QM/ММ моделирование
- Метод Монте-Карло расчёт термодинамических свойств
- Методы выборочного поиска (Biased Monte-Carlo)
- Дистанционная геометрия и ЯМР
- Использование МД при оптимизации данных ЯМР
- Сравнительное моделирование
- Степень идентичности и сравнительное моделирование
- Предсказание структуры белка Ab initio
- Термодинамическая пертурбация
- Термодинамические циклы
- Потенциал средней силы
- Линейное представление молекул, SMILES
- SMARTS: паттерны для SMILES
- Фрагментарное построение лиганда
- QSAR, количественные соотношения структура/ активность
- Докинг белок-лиганд
- Белковый докинг