Задания по теме лекции 1

Отчет о выполненных заданиях присылайте А.В.Алексеевскому в файле Word или аналогичной программы на адрес <aba AT belozersky DOT msu DOT ru>

Отчет должен содержать короткий текст с объяснениями и вашими комментариями.

Выполнение задания 1 обязательно для зачёта по теме лекции 1.

Зачет темы – при выполнении еще трех заданий. Каждый пункты задания 6 идет за 1.

Задание 1

Известна последовательность одной цепочки ДНК:

ATGACCAAA

Напишите последовательность второй цепочки.

Задание 2

Определите на геном какого коронавируса больше всего похож геном уханьского коронавируса.

Задание 3

Напишите

• a) Сколько разных молекул ДНК имеется у человека. Разные значит их последовательности в целом непохожи. b)Сколько штук молекул ДНК содержатся в ядре клетки человека

Задание 4

Узнайте диаметр любой примерно шарообразной клетки человека. Подсказку найдете в презентации.

Примерная толщина мембраны клетки указана в презентации, она примерно одинакова для всех клеток.

Увеличим клетку до размера арбуза. Какой толщины будет мембрана?

Задание 5*

*Для умеющих программировать

Проверьте верны ли некоторые наблюдения, приведенные на слайде "Лингвистический анализ" презентации, для коронавируса и парочки других вирусов. См. указания где взять геномы вирусов.

Задание 6. Ответьте на вопросы по вашему выбору

1. Составьте табличку с колонками: (a)название организма, (b) размер генома, (c) число генов белков в геноме. Заполните ее для (1) двух вирусов; (2) двух бактерий; (3) человека и еще одного эукариотического организма. Напишите, что заметили интересного.
2. У какого организма самый длинный геном? Приведите название, желательно, картинку и примерную длину генома в парах нуклеотидов. Сравните с размером генома человека
3. У какой бактерии геном самый маленький? Приведите его размер и, желательно, объяснение с чем связан малый размер генома.
4. У кого самый маленький геном? Не решаюсь назвать его организмом, так как он может быть вирусом. Приведите название и размер генома.
5. Чем вирус отличается от бактерии?
6. У какого вируса самый большой геном? Приведите примерный размер. Сравните с геномом бактерии.
7. Приведите интересный пример животного (animal)организма, геном которого секвенирован.

Указания

Задание 2.

Список геномов уханьского коронавируса (SARS-CoV-2) найдете по адресу https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/2019-ncov-seqs/

Выберите геном из колонки RefSeq. Эта запись проверена экспертами. Пройдите по ссылке. Справа найдете ссылку Run BLAST, пройдите по ней. BLAST это программа для поиска похожих последовательностей в базах данных.

В окошке Organism напишите Coronavirus (выберите строчку с указанием (taxid ...). Это позволит ускорить поиск.

• Можно менять Algorithm parameters Max target sequences - максимальное число выдаваемых находок

Пуск кнопка BLAST.

Находки BLAST упорядочены по надежности. Надежность меряется параметром E-value, чем меньше E, тем надежнее.

Coverage – покрытие. Coverage равно проценту длины участка похожести в вашем белке от полной длины вашего белка

Identity –Identity равно проценту сопоставленных одинаковый аминокислотных остатков (букв) от длины выравнивания.

Задание 5

Забыл во-время указать какие геномы взять. Приношу извинения. ААл

Геном находится по инентификатору на сайте NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ в базе данных Nucleotide.

Для скачивания выбрать формат Fasta, это текстовый формат для последовательности, первая строчка: идентификатор и краткое описание. Например:

>NC_002642.1 Yaba-like disease virus, complete genome
AATTTAAACCTTTATTTATAATTTATAACTGGAAAAAAAATAGTAAACACACACGTTTATAATTAACTTT
TAATGTGTTTTTAATGAAAAACGGCTTTTAAAGCCAACGTAAATAGAATTTTTTGTTTTAATTGTTAAAA
......................................................................

Вирус обезьяны Яба, Геном - двухцепочечная ДНК. Идентификатор NC_002642

Вирус ВИЧ, геном - одноцепочечная +РНК. В клетке хозяина с РНК делается комплементарная копия двухцепочечной ДНК и эта ДНК встраивается в геном хозяйской клетки. Идентификатор NC_001802.1

Уханьский коронавирус. Идентификатор NC_045512

Задание 6.

• Хромосома человека - это молекула ДНК вместе с белками, которые с ней связаны
• Используйте Google

• Используйте ссылку на базу данных Genomes: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

Далее Browse by Organism.

• При выбранном организме см. его в базе данных Taxonomy. На странице организма есть ссылки на геном. Только complete genomes годятся для того, чтобы узнать размер генома.