Задания по лекции 12

Только поздно ночью сообразил как сформулировать задания. Вот утром записываю.

Для зачёта достаточно выполнить одно из отмеченных заданий.

Остальные - на интерес

1. (зачётное) Укажите координаты (от а/к ... до а/к ...) участка с повторами в последовательности рецептора дофамина DRD4

Это те самые повторы, о которых рассказывал МГ в лекции, стр. 58 в презентации МГ.

Для нахождения повторов предлагаю построить выравнивание DRD4 из нескольких (5-10) организмов. Идея том, что повторы и их число в эволюции быстро меняется, поэтому участок с повторами легко будет увидеть глазами.

Подсказки

• В Uniprot найдите последовательности всех рецепторов DND4. В запросе DND4 должно быть указано в поле gene name. Используйте Advanced search или в окошке укажите gene:drd4
• Выберите (отметьте галочкой) последовательности из разных видов, включая человека. Следите, чтобы длина выбранных последовательностей была

больше 300.

• выровняйте в Uniprpot, кнопка Align (это проще) или
• скачайте последовательности в формате фаста и вровняйте в Jalview

2. Определите сколько повторов в последовательности DRD4 того человека, чья последовательность показана в записи DRR4_human

Ответ обоснуйте

Подсказка. Длину повтора (да и примерную последовательность) легко определить: Ding et al., 2002, PNAS, Fig.2

• Найти в Uniprot все последовательности DRD4 в геноме человека (см. задание 1). Кроме DRD4_HUMAN все остальные - это фрагменты, а именно, последовательности участка с повторами только! Их массово секвенировали (в Uniprot не все) специально для того, чтобы чтобы изучить связь числа повторов с особенностями психики человека. Об этом рассказывал МГ, см также Ding et al., 2002, PNAS.

Напишите фразу о том, как определили.

3. (зачётное) Постройте выравнивание всех повторов из записи DRD4_human

Приведите выравнивание (рис. или файл) и укажите процент колонок с одинаковыми буквами.

См. подсказки к заданию 2. Из последовательности надо будет по очереди вырезать повторы. Записать их в фаста формате:

>1
PAGPPSR ...
>2
FFGPPFP ...
>3
.....

4. (зачётное) Сравните статистику числа повторов по записям DRD4 человека в Uniprot со статистикой из Fig.1 [[ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC117557/ | Ding et al., 2002, PNAS]]

См. подсказки к заданию 2.

Еще хочу дать простое задание по иммуноглобулинам человека

Вычислите потенциально возможное число разных иммуноглобулинов (антител) у человека

Если сумею его сформулировать просто. то напишу. Но не сейчас, т.к. сделать это (подготовить задание) не просто. Ответ из литературы не засчитывается - надо вычислить самому.