Задание по теме лекции 5
Задание одно, но очень важное!!!
Определите к какому виду относится данная хроматограмма секвенирования по Сэнгеру
В отчете должно быть:
- Имя файла
- Название вида латинское (английское) и русское.
- Изображение этого вида. Если не нашли, то изображение другого вида того же рода; семейства и т.д.
- Что-нибудь любопытное про этот вид (или таксон более высокого уровня)
- Скриншот выдачи программы BLAST со списком лучших находок.
- (*) какой ген был секвенирован.
Выбор файла с хроматограммой определяется первой буквой фамилии. Пока выбирайте случайный файл. До завтра попробую сочинить правило, чтобы файлы не повторялись у разных студентов.
Файлы доступны по ссылке
Указания.
Чтобы читать файл формата .ab1 можно использовать этот сервис
Загрузите файл формата .ab1 => Launch Analysis. Увидите хроматограмму и буквы, которые определил компьютер. Они не всегда правильны, нужен визуальный анализ. Увидите - разберетесь.
- Выберите участок не менее 50 оснований с достоверным прочтением хроматограммы. Можно взять и всю последовательность, скажем 900 оснований. Но кроме плохих участков.
- Найдите эту последовательность в полной последовательности снизу. Используйте поиск (CTRL-F) в нижнем окне по первым нескольким буквам выбранной последовательности; потом - по последним нескольким буквам.
- Скопируйте участок и сохраните.
Используйте программу BLAST для поиска похожих последовательностей https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi => Nucleotide BLAST
- Вставьте последовательность в окошко.
- Умолчательные параметры BLAST годаятся для вашей задачи. На всякий случай проверьте, что выбран алгоритм Highly similar sequences (megablast) и база данных Nucleotide collection
- BLAST
Смотрите на лучшие находки. E-value должно быть очень маленьким (E << 0.0001), Query coverage% под 100% и Identity тоже близко к 100%
- Далее используйте Google по названию организма, wiki и Google картинки.
PS. Также для хроматограмм можно использовать программы Chromas, Finch TV, установив их на свой компьютер; и много других.