Kodomo

Пользователь

Задания к лекции 6 "Структура биополимеров"

Мягкий дедлайн — до вечера 1 апреля 2020. Задания, присланные до мягкого дедлайна, проверяются более внимательно и с комментариями. Жесткий дедлайн — до вечера 8 апреля. Задания, присланные после 8 апреля, не проверяются.

Задание 1.

Найдите в PDB (https://www.rcsb.org/) структуру какого-нибудь белка из списка:

В отчёте приведите: детали поиска (какое слово куда писали и что потом выбирали), сколько всего белков с подобным названием нашлось, код (четыре символа) выбранной структуры, её краткое описание (желательно с переводом на русский), дату депонирования в PDB, из какого организма белок, ещё что-то, привлекшее ваше внимание на странице структуры. Из текста, приведенного в Википедии, составьте несколько предложений, описывающих функцию выбранного белка.

Указания. Выясните, как пишется название белка по-английски (хороший способ: найти статью об этом белке в русской Википедии и затем перейти по ссылке на соответствующую английскую статью). Зайдите на сайт PDB https://www.rcsb.org/ . Внесите название в окошко поиска справа вверху или пройдите по ссылке Advanced search, далее действуйте по смыслу. На странице конкретного комплекса: краткое описание находится сразу под кодом, остальная информация чуть ниже.

Задание 2.

На странице структуры найдите гиперссылку “3D View: Structure” и пройдите по ней (если такой гиперссылки вдруг нет, смените браузер :). Найдите окошко “Select a different viewer” и выберите JSmol. Создайте два изображения структуры на сером фоне: полноатомное с раскраской по химическим элементам; остовное с раскраской по цепям и приложите к отчёту графические файлы с изображениями.

Указания. Щёлкните правой кнопкой мыши по окошку JSmol и выберите Console. Чтобы создать полноатомное изображение, нужно выполнить в консоли следующие команды: 

cpk only
color cpk
background grey

Чтобы перейти от полноатомного изображения к остовному с раскраской по цепям, нужно выполнить следующие команды: 

cpk off
backbone 0.3
color chain

(после backbone вместо 0.3 может стоять 0.2 или 0.5, подберите толщину линий по своему вкусу)

Чтобы сохранить изображение в графический файл, нужно (подобрав подходящий ракурс и величину изображения) щёлкнуть правой кнопкой мыши по окошку JSmol и в открывшемся меню выбрать File → Export.

Задание 3. (* — дополнительно)

Изучите руководство по Jmol https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/Jmol и создайте, пользуясь возможностями Jmol или JSmol (интерфейс у них максимально сближен), какие-нибудь ещё изображения структуры, иллюстрирующие её особенности. Если будете делать это упражнение, обязательно снабдите картинки понятным описанием того, что именно на них изображено!

Выполненное задание присылать на адрес akaryagina@gmail.com , желательно, в виде файла Word, вставив в текст рисунки (в подписях к рисунку необходимо привести название рисунка и расшифровать все обозначения). В теме письма и в самом выполненном задании указать "МФК Биоинформатика, задание по лекции 6, ФИО, факультет, курс".