Kodomo

Пользователь

1. Построить модели 3D структур миоглобинов трех организмов

ПРИСЫЛАТЬ ААл!

Задание выполняется после первых двух этапов выполнения задания Л10. По одному миоглобину выберите из каждой категории организмов - элитные ныряльщики, умеренные ныряльщики, мелководные или наземные млекопитающие

Метод - моделирование по гомологии с помощью SWISS-MODEL

В результате должно получиться три PDB файла.

Для построения модели нужен AC последовательности белка (или сама последовательность в формате fasta).

Построение модели ведется в два этапа.

На первом находятся шаблоны - гомологичные белки с известной пространственной структурой. Из находок надо выбрать одну. Ориентироваться на Coverage, Identity, метод X-ray и разрешение, чем меньше, тем лучше. Разрешение может перевешивать identity, т.к. Качество шаблона важно. Больше 2 ангстрем не хорошо, меньше 1 ангстрема практически не бывает (точнее,есть штуки таких на весь PDB). В данной задаче выбирайте мономер, т.к. миоглобины - мономеры.

Выбрав шаблон BUILD MODEL. Получив модель, сохраните ее в PDB файле.