Задания по теме лекции 11
Отчет о выполненных заданиях присылайте А.В.Алексеевскому в файле Word или аналогичной программы на адрес <aba AT belozersky DOT msu DOT ru>
Зачёт темы – при выполнении одного задания из предложенных.
Если выполните более одного, то это зачтётся вашу пользу при зачёте
1. Сравнить геномы M.micoides и M.capricolum
В ответе:
- процент совпадающих букв на выравниваемых участках геномов
- рисунок - карта локального сходства двух геномов (dotplot в программе blast: Align two or more sequences)
- описание одной крупной перестройки в геномах: вид перестройки, место на карте, примерная длина
Перестройками считаются:
- делеция фрагмента в одном геноме по сравнению с другим. Указать в каком геноме делеция, отметить на карте
- транслокация, т.е. перемещение фрагмента в одном геноме по сравнению с гомологичным фрагментом в другом геноме. Отметить на карте.
- инверсия, изменение направления фрагмента ДНК в одном геноме по сравнению с гомологичным фрагментов в другом геноме. Механизм такой: вырезается фрагмент двухцепочечной ДНК, разворачивается "на 180 градусов" и вклеивается в то же место
- комбинация перечисленных перестроек
Данные: идентификаторы геномов NZ_CP001668 и NC_007633.
Методы: программа BLAST на сайте NCBI, выбрать опцию Align two or more sequences, указать идентификаторы геномов. Найдите, где blast сообщает процент одинаковых букв (identity) в суммарном выравнивании гомологичных фрагментов. Гомологию blast выводит из сходства последовательностей.
Что нужно: разобраться самостоятельно в том, что такое карта локального сходства (dotplot в blast). Можно по презентации
2. Описать, что показано на одном сладе презентации М.Гельфанда
Не ловите меня на слове: бессодержательные слайды брать нельзя.
Это трудное задание, формальные отписки в качестве ответа не пройдут.
Убедитесь, что поняли, что написано, что показано на рис. (хотя бы одном) и сказано МГ. И опишите своё понимание своими словами. Копию слайда из МГ вставьте в ответ.
3. Опишите одну мутацию в митохондриальной ДНК человека, вызывающую наследственное заболевание
Ожидается маленький реферат, но никак не копи-паст (т.е. плагиат). Дословный перевод с англ. тоже не годится, пожалуйста!
Обязательно: прислать мтДНК человека в формате genbank (gb) или fasta, указать положение мутации (в присланном файле!) и какая - замена чего на что, описать последствия мутации: изменяет ли она последовательность белка, какого и какая замена аминокислот из-за нее.
Как-то так.